Jalview. Ein freier Multiple-Alignment-Editor, der in Java geschrieben wurde
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Jalview. Ranking & Zusammenfassung

Jalview. Stichworte

Aussicht bringen bearbeiten Ausricht-Editor Protein-Viewer Sequenz-Fetcher.

Jalview. Beschreibung

Ein kostenloser Editor mehrere Ausrichtung geschrieben in Java Jalview ist ein Open-Source-Tool ist weit verbreitet in einer Vielzahl von Web-Seiten (z EBI ClustalW-Server und der Pfam-Proteindomäne Datenbank), sondern ist als Allzweck-Alignment-Editor verwendet. Hier sind einige der wichtigsten Features von Jalview: Benutzeroberfläche: · Verknüpfte Hervorhebung von Codon und Aminosäure aus Translation und Proteinprodukten · Verlinkte Hervorhebung der Struktur mit Rückstandes Zuordnung zu Codonposition assoziiert · Sequenz Fetcher liefert Beispiel Zugangsnummern und klar Taste · Memory hinzugefügt als eine Option unter Desktop des Menü Extra · Auszug Score-Funktion zum Parsen Leerzeichen getrennt numerische Daten in Textzeile · Spaltenbeschriftungen in Ausrichtung Anmerkung kann zentriert werden. · Tooltip für Sequenzfolge zugeordnet Anmerkung Namen geben Web Services und URL-Abruf: · JPred3 Web-Service · Prototype Sequenzsuche Client (keine öffentlichen Dienste vorhanden) · Fetch entweder Samen Ausrichtung oder die vollständige Angleichung von PFAM · URL-Links für passende Datenbank Querverweise erstellt sowie Sequenz ID · URL-Links können mit regulären Ausdrücken erstellt werden Sequence Database Connectivity: · Abrufen von Querverweisen Sequenzen aus anderen Datenbanken · Generalized Datenbank Referenz Retrieval und Validierung für alle abrufbaren Datenbanken Fetch · Sequenzen aus DER Quellen Unterstützung den Sequenzbefehls · Import und Export Export Annotation Zeilen als CSV für Tabellenimport · Jalview Projekte Rekord Ausrichtung Dataset Verbände, EMBL Produkte und cDNA-Sequenz-Mappings · Sequenzgruppenfarbe kann in Annotation Datei angegeben werden · Ad-hoc-Färbung in Annotationsdatei der Gruppe mit RGB-Triplett als Name Farbschema · VAMSAS Client-Fähigkeiten (Experimental) · Treenode Bindung für VAMSAS Baum Austausch · Die lokale Bearbeitung und Aktualisierung von Sequenzen in VAMSAS Ausrichtungen (experimentell) · Erstellen Sie neue oder wählen Sitzung bestehenden beitreten · Laden und Speichern von Dokumenten vamsas Anwendungsbefehlszeile ein: · Baum Parameter zu öffnen Bäume (zum Übergang von Applet eingeführt) · Fetchfrom Befehlszeilenargument zu Spitznamen von DAS-Server-Abfrage für Ausrichtungsmerkmale angeben · Dasserver Befehlszeilenargument auf neue Server hinzufügen, die für Funktionen auch automatisch abgefragt werden · Groovy Befehlszeilenargument führt eine gegebene groovy Skript, nachdem alle Eingangsdaten geladen wurden und analysiert Applet-Anwendungsdatenaustausch: · Bäume als Applet-Parameter übergeben können Anwendung übergeben werden (wenn View in voller Anwendung verwenden) Applet-Parameter: · Merkmalsgruppe Anzeigesteuerparameter · Debug-Parameter · Parameter showbutton Applet API-Methoden: · NewView öffentliche Methode · Fenster (aktuelle Ansicht) spezifische get / set öffentliche Methoden · Funktionsanzeige-Steuerverfahren · Get Liste der aktuell ausgewählte Sequenzen New Jalview Verteilung Funktionen: · InstallAnywhere Installer IA 2008 VP1 aufgerüstet · Release-Datei gibt Build-Eigenschaften für die neueste Jalview Release. · Java 1.1 Applet Build erleichtert und donotobfuscate Eigenschaft steuert die Ausführung von obfuscator · Build-Ziel für die Erzeugungsquelle Verteilung · Debug-Flag für javacc · .Jalview_properties Datei dokumentiert ist (leicht) in jalview.bin.Cache · Kontinuierliche Build-Integration für eine stabile und Entwicklungsversion der Anwendung, Anforderungen: · Java

Jalview. Zugehörige Software