Jaligner Der Smith-Waterman-Algorithmus implementiert in Java für die biologische lokale paarweise Sequenzausrichtung
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Reihenfolge ausrichten Ausrichter Sequenzaligner Sequenz ausrichten Sequenzausrichtung.

Jaligner Beschreibung

Der Smith-Waterman-Algorithmus implementiert in Java für die biologische lokale Paare-Sequenzausrichtung Jaligner ist eine Open-Source-Java-Umsetzung des Smith-Waterman-Algorithmus mit der Verbesserung von Gotoh zur Verbesserung der biologischen lokalen paarwändern Sequenzausrichtung mit dem Affine-Gap-Strafe-Modell. Hier sind einige wichtige Funktionen von "Jaligner": · Die Raumkomplexität zur Durchführung der dynamischen Programmierung mit den Hauptähnlichkeitswerten Matrix und den 2 Hilfslückenmatrizen wird von O (m? N) bis O (N) reduziert, wobei M und N die Größen der vertikalen Sequenz und der horizontalen Reihenfolge sind mit ausreichenden eindimensionalen Arrays der Größe N anstelle der ursprünglich zweidimensionalen Arrays der Größe M? N. · Die zweidimensionale Anordnung der Größe m? Dieser Ansatz beschleunigt den Prozess der Speicherzuordnung, da die Java-Virtual-Maschine (JVM) versucht, ein eindimensionales Array von M? N "Bytes" (primitiver Datentyp) zuzuordnen, anstatt zu versuchen, ein Array von M "Objekten" zuzuordnen. , von denen jedes ein "Array" von N Bytes ist. · Zusätzlich zu den bereits enthaltenen 70-Scoring-Matrizen, die von der NCBI-Site abgeholt wurden, wird Jaligner auch mit benutzerdefinierten Scoring-Matrizen zusammenarbeiten. · Es ist einfach, Jaligner durch eine freundliche grafische Benutzeroberfläche (GUI), einfache Befehlszeilensyntax oder wiederverwendbare Programmieranwendungsschnittstelle (API) zu verwenden.

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