Iteratiertes Funktionssystem. Leicht visualisieren große Genomen
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Iteratiertes Funktionssystem. Beschreibung

Leicht große Genome visualisieren Das iterierte Funktionssystem ist ein kostenloses und einfach zu bedienendes Werkzeug zur Visualisierung großer Genomen von Chaos Game Repräsentation CGR (Jeffrey 1990). CGR wandelt DNA-Sequenz in das farbiges Bild (Abbildung rechts) um. Jedes Pixel entspricht einer kurzen Reihenfolge von n-Symbolen namens n-mer. Die Farbe des Pixels spiegelt die N-Mer-Frequenz in der analysierten Sequenz wider. Der Hauptparameter der Visualisierung, d. H. Region im Genom, die in der Visualisierung eingesetzt wird, wird vom Schieberegler oben im Fenster gesteuert. Der Benutzer kann den Bereich direkt angeben, indem Sie die Startposition und -länge eingeben, oder mit dem Schieberegler, um den Bereich schnell durch das Genom zu bewegen. Die tatsächliche Position und die Länge des Bereichs werden in der Schiebereglersteuerung als roter Stab mit entsprechendem Size -GeneBank-Format angezeigt. Nachdem ein Benutzer ausgewählt ist, wird die Beschreibung in der rechten Seite angezeigt. Die Visualisierungs-Taste kann verwendet werden, um das ausgewählte Merkmal sofort zu visualisieren. Auf diese Weise können wir einfach wichtige Teile des Genoms einfach durch ein einzelne Klick-Parameter der Visualisierungs-Visualisierung analysieren. Farbbereich, d. H. Die Umwandlung der Oligomerfrequenz auf Farbwärme kann eingestellt werden. Der minimale Wert ist blau und maximal in roter Farbe dargestellt. Wenn die automatische Anpassung des Farbbereichs gewählt wird, wird der Maximalwert immer neu berechnet, um das häufigste Oligomer in roter Farbe anzuzeigen. Die Hervorhebung von Oligomeren mit niedriger und hoher Frequenz kann gleichzeitig durch logarithmische Skala von FarbwärmeMap erreicht werden, d. H. Log (Anzahl) wird auf den Zählerwert angewendet.

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