Intron-Marker-Pipeline. Gestaltung von Intron-Flanking-Primern mit Ests als Vorlage in Arten mit begrenzt auf keine genomische Sequenz
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Intron-Marker-Pipeline. Ranking & Zusammenfassung

Intron-Marker-Pipeline. Stichworte

Reihenfolge Intron-Marker-Pipeline. Exprimierte Sequenz-Tags. EST-Sequenz Europäische Sommerzeit Intronisch

Intron-Marker-Pipeline. Beschreibung

Design von Intron-Flanken-Primern, die Ests als Vorlage in Arten mit beschränkt auf keine genomische Sequenz begrenzt Die Intron-Marker-Pipeline (IMP) -Pipeline wurde als automatisiertes Werkzeug für das Design von Primern entwickelt, das die Flanke in den ausgedrückten Sequenz-Tags (ESTS) vorhergesagt hat. Die Intron-Marker-Pipeline (IMP) zielt darauf ab, die Spezies mit beschränkt auf keine genomischen Sequenzdaten zu beschreiben. Alles, was für die Eingabe erforderlich ist, ist eine FASTA-Datei, die die EST-Sequenz enthält, und eine andere Fasta-Datei, die eine beliebige genomische Sequenz enthält, die für die Intron-Vorhersage verwendet werden soll. Dies ermöglicht eine optimale Flexibilität für Benutzer, sodass sie die genauen verwendeten Sequenzen steuern können. Installationsanweisungen: · Laden Sie die aktuelle Verteilung herunter. · Auspacken (erstellt es den eigenen Ordner, der Ordner enthält) mit dem Dateinamen mit dem Dateinamen des TAR -zxVF im Terminal · Installieren Sie Reewatmasker, Blat, Geneseqer und Primer3-Befehlszeilen-Dienstprogramme installieren und notieren Sie den Pfad, um die ausführbare Datei auszulöschen Eins (EX: / usr / local / teilen / Anwendungen / primer3 / src / primer_core) · Führen Sie perl install.pl im Basisverzeichnis von IMP · Geben Sie die bereits erwähnten Pfade ein, wenn Sie dazu aufgefordert werden: · Wiederholungsmasker. · Blat. · Geneseqer. · PRIMER3-Befehlszeilen-Dienstprogramm

Intron-Marker-Pipeline. Zugehörige Software