Ginsim bietet Unterstützung für die Modellierung und Simulation genetischer Regulierungsnetzwerke.
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Ginsim Ranking & Zusammenfassung

Ginsim Stichworte

Entwurf simulieren Modell Netzwerk simulieren genetisches regulatorisches Netzwerk Genetische Netzwerkmodellierung.

Ginsim Beschreibung

Bietet Unterstützung für die Modellierung und Simulation genetischer Regulierungsnetzwerke. Ginsim (Gene Interaction Network Simulation) ist ein Computerwerkzeug für die Modellierung und Simulation genetischer regulatorischer Netzwerke. Die Entwicklungen in funktionellen Genomiken haben große Mengen an Daten zur Genexpression und an den zugrunde liegenden Regulierungsmechanismen erzeugt. Dies hat zur progressiven Abbildung komplexer Regulierungsnetzwerke geführt. Da diese Netzwerke in der Regel zahlreiche miteinander verfeinerte Rückkopplungsschaltungen enthalten, widerspricht das Verständnis ihres spatio-zeitlichen Verhaltens die Intuition der Biologen. Wenn dies berücksichtigt, werden formale Simulation und Modellierwerkzeuge zu einem notwendigen Erkomplement zu experimentellen Werkzeugen. Als präzise Informationen zu molekularen Mechanismen und der Wert von kinetischen Parametern sind derzeit schwer zu ermitteln, qualitative Methoden bieten einen sehr attraktiven Ansatz, um wesentliche Eigenschaften genetischer regulatorischer Netzwerke zu modellieren und zu analysieren. GisinSIM ermöglicht dem Benutzer, ein Modell eines genetischen Regulierungsnetzwerks in der Frist von asynchronen, mehrwertigen logischen Funktionen anzugeben und sein qualitatives dynamisches Verhalten zu simulieren und / oder zu analysieren. Wenden Sie sich an die Entwickler für andere Anwendungen. Anforderungen: · Java 1.4. Was ist neu in dieser Version: Neue Eigenschaften: · Logische Funktionen: Die logischen Parameter können jetzt durch schreibte logische Funktionen erzeugt werden. Diese Funktionen unterstützen Klammern und logische Bediener ("!", "" Und "|" als "nicht", "und" und "oder" respektvoll). · Diese logischen Funktionen erzeugt automatisch die entsprechenden Parameter, die dann in dem Panel "Parameter" aufgelistet (und ausgegraut, wie sie nicht bearbeitet werden können). Die Schnittstelle zur Funktionsdefinition wird noch erwartet, dass sie sich ändert. · Eingaberknoten: Die Werte dieser Komponenten werden durch ihre Anfangswerte (implizite Selbstregulierung) bestimmt. Alle definierten Parameter werden ignoriert. · Der Basalwert wird nun als regulärer logischer Parameter definiert (deaktiviert alle eingehenden Wechselwirkungen). · Modellreduzierung: Diese neue Funktion ermöglicht die Definition einer "reduzierten" Version eines Modells durch "Verhinderung" eine vom Benutzer ausgewählte Liste von Komponenten. Sehen Sie http://gin.univ-mrs.fr/ginsim/publications/naldi2009.html. · Dokumentation Export: Exportieren Sie die Liste der Komponenten zusammen mit ihrer Anmerkung und Logik ...

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