Gambit Viewer A Cross-Platform Viewer und Analysis Workbench für Sequenzierungsdaten der nächsten Generation
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Gambit Viewer Ranking & Zusammenfassung

Gambit Viewer Stichworte

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Gambit Viewer Beschreibung

Ein querplattreicher Viewer- und Analyse-Workbench für Sequenzierungsdaten der nächsten Generation Der GAMBIT-Viewer ist eine neue Grafik-Benutzeroberfläche (GUI) -Anwendung, die Sie mit der Sequenzanalyse unterstützen soll. Die Gambit-Viewer-Software nutzt die Indexierungsfunktionen des (fairly) kürzlich standardisierten Bam-Sequenz-Ausrichtungsformats, das einen schnellen Zugriff auf Genomic ermöglicht Daten mit minimaler Inbetriebnahmezeit und Wiedergabeverzögerung. Der Gambit-Viewer unterstützt auch eine Vielzahl von Annotationsformaten (Bett, GFF, GFF3, VCF) "Out-of-the-Box" zum Anzeigen von Gen- / Region Anmerkungen sowie SNP-Einträge. Der Gambit-Viewer ist derzeit "Plugin-Aware" In Bezug auf den Formatträger kann die Unterstützung neuer Formate hinzugefügt werden, ohne dass das Hauptprogramm selbst modifiziert / aktualisiert werden muss Analyseanforderungen kleinerer Biologie-Laboratorien können serviert werden, wenn die Visualisierungssoftware die wesentliche analytische Funktionalität integriert. Eine solche Funktionalität umfasst das PCR-Primer-Design, um Kandidaten-SNP-Validierungsexperimente zu unterstützen; Anschließen an gemeinsame Datenbanken; Exportieren von Daten aus bestimmten Regionen des Chromosoms für detaillierte und fokussierte Analysen. Der Gambit-Viewer wird bald "plugin-aufmerksam" in Bezug auf analytische Tools sein, um solche integrierten Funktionen bereitzustellen. Ein Vorteil von der Implementierung des Analysesystems über Plugins besteht darin, dass jeder mit Programmierkompetenz leicht ihre eigenen benutzerdefinierten Funktionen enthalten kann: Unterstützung für neue Dateiformate, zusätzliche Metriken oder sogar benutzerdefinierte Ansichten. Ein weiterer Vorteil ist, dass Benutzer jedes Plugin nicht hinzufügen müssen. Sie können den Gambit-Viewer anpassen, um so leichter oder voll funktionsfähig zu sein, da Ihre Bedürfnisse erforderlich sind. Anforderungen: · Java

Gambit Viewer Zugehörige Software