GURT ein benutzerfreundliches Java-Programm, das Proteine nach Reihenfolge und 3D-Struktur ausrichtet
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GURT Stichworte

Protein ausrichten Biologie Protein ausrichten mRNA-Sequenz Protein Annotation.

GURT Beschreibung

Ein benutzerfreundliche Java-Programm, dass ausrichtet Proteine, die durch Sequenz und 3D-Struktur Riemen ist ein plattformübergreifendes Programm, dass unterstützt die gleichzeitige Analyse von Hunderten von Proteinen und integriert Aminosäuresequenz, 3D-Struktur und genomic- und mRNA-Sequenz, der Sekundärstruktur und Rückstands annotation.The Ausrichtung kann in MS-Word exportiert und modifiziert werden oder andere Textverarbeitungs Das im Lieferumfang enthaltene Tutorial wird die Verwendung von STRAP in weniger als 1 Stunde lehren. Der Skriptfähigkeit und Erweiterbarkeit macht STRAP ein sehr mächtiges Werkzeug auch für den fortgeschrittenen Anwender. Hier sind einige der wichtigsten Features von STRAP: · Berechnung der Sequenz-Alignments · Berechnung der WIKI: 3D-Überlagerungen (Beispiel Ausgang) und Struktur basiert multiplen Alignments von Proteinen mit PUBMED: TM-align oder CE oder Gangsta + 3D-Überlagerung. Kombinierte Sequenz-Struktur-Alignments. · 3D-Visualisierung mit WIKI: Pymol oder WIKI: Jmol oder Rasmol und VMD. In Vorbereitung: YASARA Hervorhebungen Mutationen, WIKI: SNPs, WIKI: Exon-Intron-Grenzen oder Regionen mit hohen Sequenzkonservierung in 3D. Sofortquer Auswahl zwischen 3D-Objekten, Sequenzen und Ausrichtungen · WIKI: Blast-Suche mit "Blast Alert" · Prognose: WIKI: Transmembranhelices, WIKI: Secondary Structures und WIKI: Coiled-Coil · Translation von Nukleotidsequenzen zu Aminosäuresequenzen. Ausgabe von Aminosäure-Alignments als Nukleotid-Alignments. · Protein-Dateiformate: WIKI: Swissprot-, WIKI: PDB, WIKI: Fasta, MSF, BIOWIKI: Stockholm, WIKI: ClustalW, WIKI: Nexus, HSSP WIKI: Genbank, EMBL · Die phylogenetische Bäume mit ATV, WIKI: Jalview und GeneBee · Rückstand Anmerkungen und Nukleotid-Anmerkungen Hervorhebungen WIKI: reguläre Ausdrücke (d Prosite-Patterns) unter Verwendung von WIKI: inkrementelle Suche und WIKI: Sequenz-Funktionen aus WIKI: DER-Server: Aushelfen tricky Sequenz-Alignments aufgrund der geringen Sequenzähnlichkeit von: · 3D-Überlagerung von C-alpha-Atomen unter Verwendung von CE und TM-align räumlichen äquivalenten Reste hervorzuheben · Punktdiagramm · Zwischensequenzen · Gemischte Sequenz-Alignments und Proteinstruktur-Alignments · WIKI: Plugins sind Erweiterungen für STRAP von Drittentwicklern. Anforderungen: · Java · Compiler für Objective-C und Fortran

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