Clans zeigt paarweise Ähnlichkeiten für FASTA-Formatsequenzen an
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SPRENGEN Ähnlichkeit FASTA-Sequenz Fasta Sequenzähnlichkeit. BLAST-Suche

Clans Beschreibung

Zeigt paarweise Ähnlichkeiten für FASTA-Formatsequenzen an Clans ist eine kostenlose Software, die uneinrichtete Fasta-Format-Sequenzen ein Eingabesystem annimmt, führt All-gegen-ALL-BLAST-Suchen aus und zeigt die paarwissen Ähnlichkeiten in den 2D- oder 3D-Graphen an. Im Gegensatz zu phylogenetischen Inferenzmethoden verwendet dieser Ansatz uneinrichtete Sequenzen und funktioniert besser, je mehr Sequenzen als Erhöhung der Anzahl der paarweise Ähnlichkeiten bereitgestellt werden, die den Chance-Treffer ausstrahlt. Bei der Formulierung einer Hypothese, wie höchstwahrscheinlich einige funktionale Annotation für mindestens einige der engen oder mehr entfernten Homologen verfügbar sein wird, hilft das Wissen über einen scheinbaren Co-Expression viel weniger für Microarray-Daten. Das aufgrund von zwei Problemen. Zunächst gibt es die riesige Menge an Genen, die auf dem Microarray-Chip vorhanden sind, und die, allgemein niedrige Anzahl von Experimenten und / oder Replikaten, die durchgeführt werden. Die Wahrscheinlichkeit zweier Gene, die Co-Expression zeigen, obwohl sie in keiner Weise ursächlich kausal verwandt sind, ist relativ hoch. Die zweite ist, dass es weiß, dass eine Gruppe von Genen Co-Express nicht hilft, ohne mindestens eine Abruf von dem, was einige von ihnen tun, nicht zu haben. Daher müssen wir zusätzliche Daten wie funktionale Annotation, zelluläre Lokalisierung oder Pfadinformationen einschließen. Anforderungen: · Java 1.5 oder höher

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