Clampego. ein Cytoscape-Plug-In, das die nicht redundanten biologischen Begriffe für große Genecluste visualisiert
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Clampego. Beschreibung

Ein Cytoscape-Plug-In, das die nicht redundanten biologischen Begriffe für große Genecluste visualisiert ClUngo studiert die Cluster von Genen in einem funktionell gruppierten Netzwerk und kann in Kombination mit Golorize verwendet werden. Die Bezeichner können aus einer Textdatei oder interaktiv aus einem Netzwerk von Cytoscape hochgeladen werden. Die Art der unterstützten Bezeichner kann vom Benutzer mit dem Benutzer leichter erweitert werden. Cluego führt eine einzelne Clusteranalyse und einen Vergleich von Clustern durch. Aus den verwendeten Ontologie-Quellen werden die Begriffe durch verschiedene Filterkriterien ausgewählt. Die damit verbundenen Begriffe, die ähnliche assoziierte Gene teilen, können umgedacht werden, um die Redundanz zu reduzieren. Das Clu-GO-Netzwerk wird mit Kappa-Statistiken erstellt und spiegelt die Beziehungen zwischen den Bedingungen an, die auf der Ähnlichkeit ihrer zugehörigen Gene basieren. Im Netzwerk kann die Knotenfarbe zwischen Funktionsgruppen und Clusterverteilung umgeschaltet werden. Cluego-Diagramme tragen der Spezifität und den gemeinsamen Aspekten der biologischen Rolle. Die Bedeutung der Begriffe und Gruppen wird automatisch berechnet. CluEgo ist mit den neuesten Dateien von den Gene Ontology-Anforderungen einfach aktualisierbar: · Java

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