Bonflex CONFLEX - ein Programm, das den Konformationsraum eines flexiblen Moleküls durchsuchen kann, um jede optimale Struktur zu finden
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Bonflex Beschreibung

CONFLEX - ein Programm, das den Konformationsraum eines flexiblen Moleküls durchsuchen kann, um jede optimale Struktur zu finden Einzigartig nach Conflex ist seine Fähigkeit, den Konformationsraum eines flexiblen Moleküls vollständig durchsuchen, um jede optimale Struktur chemisch bedeutender Konformer zu finden. Conflex, im Gegensatz zu anderen Geometrieoptimierungsanwendungen, bestimmen Sie nicht nur lokaloptimierte Strukturen, die von einem anfänglichen Struktur des Benutzers abhängen. Der CONFLEX kann den Konformationsraum den Konformationsraum ausführlich durchsuchen, um die stabilsten Strukturen zu identifizieren: · Downstream / Reservoir- Füllung · Ein variabler Suchgrenze · Drei Störungsmodi (einzigartige Eckklappe, Kantenflipe und schrittweise Drehung) · Pre-CheckConflex-Berechnungsergebnisse können in einer Vielzahl von Formaten ausgegeben werden, die ihre Verwendung in Anwendungen für AB-Initio-Berechnungen oder Visualisierungsanwendungen ermöglichen Wie Barista Redhat Linux 7.1 und höher · 1,0 GHz-Prozessor und höher · 40 GB Festplattenspeicher · Memorie 256MB Mindestminderung: · Sie müssen ein E- E-Mail, um eine 30-tägige Versuchszeitraumlizenz zu erhalten. Was ist neu in dieser Version: · Kristallverpackung von Konformen · Aminosäurereste ersetzen · Lösungsmitteleffekt. · ConFlex kann nun die Energie mit dem verallgemeinerten geborenen Lösungsmittelmodell (GB / SA) berechnen. · Feldoptionen erzwingen · Quasi-Interaktion · Benutzer können dem Kraftfeld den Quasi-Interaktionseffekt hinzufügen. Benutzer können auch zusätzliche Fesseln einschließen, um die strukturellen Informationen anzugeben. · Punktgebühr · Benutzer können die Punktladung an jedem Atom definieren. Für Gaußsche Benutzer kann man die von Gaußsche berechnete Teilgebühr anwenden und die elektrostatischen Wechselwirkungen schätzen. · Strukturoptimierungsoptionen · Wechseln Sie zwischen der schnellen und genauen Strukturoptimierung · Konvergenz und Iteration · Benutzer können für jede Optimierungsmethode die Konvergenzkriterien- und Iterationszahl angeben. · Konformationssuche Option · Conflex erkennt die R / S-Konfigurationen von chiralen Atomen und E /tz von Doppelbindungen. Benutzer können jetzt Ihre eigene absolute Konfiguration von Atomen hinzufügen. · Peptidbindung Option · Conflex erkennt die drehbaren Bindungen und fügt diese in die schrittweise Rotationsliste hinzu. Benutzer können die Peptidanleihen (CO-NH), Phi-PSI-Bindungen (CONH-CA-CONH) oder Seitenkettenbindungen aus einer schrittweisen Rotationsliste ausschließen. · Normalmodus-Dynamikanalyse · Durch die Kombination mehrerer Schwingungsmodule analysiert ConFlex die molekulare Dynamik. Dadurch können Benutzer einen Reaktions- oder Faltweg analysieren usw.

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