3dna 3DNA - Analysieren und Wiederaufbau von 3D-Nukleinsäurestrukturen, basierend auf einem Standardreferenzrahmen.
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3dna Beschreibung

3DNA - Analysieren und Wiederaufbau von 3D-Nukleinsäurestrukturen, basierend auf einem Standardreferenzrahmen. 3DNA ist ein vielseitiges Paket zum Analysieren und Wiederaufbau von dreidimensionalen Nukleinsäurestrukturen, basierend auf einem Standardreferenzrahmen. In seinem Kern wird die Software ein einfaches, doch mathematisch streng und geometrisch vernünftiges, ein Schema zur Berechnung eines vollständigen Satzes lokaler Basis verwendet. Paar-, Schritt- und Helixparameter und ermöglicht den exakten Wiederaufbau einer Struktur basierend auf diesen Parametern.Unique Merkmale von 3DNA umfassen die automatische Klassifizierung eines Dinukleotidschritts als A-, B- oder TA-ähnliches Basierend auf der Positionierung des Phosphors Atome und die Erzeugung von "standardisierten" Base-Stapeldiagrammen. Der Calladine-Drew-Stil erhält schematische Darstellungen als volle Atommodelle mit dem Zucker-Phosphat-Backbone und der DNA auch dank der Wiederaufbau-Routinen.3DNA wurde von Dr. Xiang-Jun Lu im Labor von Professor Wilma K. Olson an der Labor erstellt Abteilung für Chemie und Chemiebiologie, Rutgers-the State University of New Jersey. Seit der Verlassen von Rutgern hat Dr. Lu in seiner Freizeit an diesem Projekt weiterhin als unabhängiger Berater gearbeitet. Diese aktualisierte Website bietet Benutzern mehr Hintergrundinformationen und technische Details zu 3DNA, einschließlich Arbeitsbeispielen. So können diejenigen, die wirklich an Nukleinsäurestrukturen interessiert sind, ein klares Verständnis von "Was in dieser Black Box los ist" .3DNA hat stark von Interaktionen mit dem von Professor Helen Berman geführten Projekt Nucleic Acid (NDB) profitiert. Dr. Zukang Feng auf der PDB / NDB, Dr. AR Srinivarsan, Frau Yurong Xin, Mr. Andrew Colasanti, Mr. Jin Tao, Frau Fei Xu und andere Mitglieder des Olson Lab., Und zahlreiche Benutzer aus der ganzen Welt Hat dabei geholfen, 3DNA ein besseres Instrument, um der wissenschaftlichen Gemeinschaft zu dienen.

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