taxtastisch Erstellen und pflegen phylogenetische "Referenzpakete" von biologischen Sequenzen
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Python-Bibliothek Python biologisch biologische Sequenzen Sequenzen

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Taxtastic ist das Python-Modul, mit dem Referenzpakete erstellt und pflegt. Taxit.pyc {Info, Rollback, Hilfe, Erstellen, Aktualisieren, NEW_DATABASE, REROOT, TAXIDs, Strip, Add_nodes, Rollforward, Check, Taxtable} ... Erstellung , Validierung und Änderung von Referenzpaketen zur Verwendung mit `PPLACER` und verwandter Software.Plotterargumente: {Info, Rollback, Hilfe, Erstellen, Aktualisieren, NEUE_DATABASE, REROOT, TAXIDS, STRIP, ADD_NODES, ROLLFORWARD, Scheck, Taxtable} Hilfe detailliert Hilfe für Aktionen mithilfe von `help` add_nodes Fügen Sie einer Datenbank neue Knoten hinzu, die eine Taxonomie enthält. Prüfen Sie taxtastic / subcommands / check.py Führen Sie eine Reihe tieferer Prüfungen auf einem RefpkG aus. Diese Unterbekämpfung ist ein Wrapper um die Refpkg-Methode IS_ILL_FORMED. Info Informationen zu Referenzpaketen anzeigen. Erstellen erstellen Erstellt ein Referenzpaket Neu_Database erstellt eine CSV-Datei, die Linien für eine Reihe von Taxa Reroot beschreibt, taxonomisch wiederherstellen Ein Referenzpaket-Update fügt Dateien oder Metdata in einem RefPKG hinzu oder aktualisiert. Der Aktualisierungs-Unterbefehl nimmt einen Refpkg zur Bedienung an, anschließend eine Reihe von Änderungen an Änderungen, die als Key = Datei ausgedrückt werden. So fügen Sie unter dem Schlüssel "Meep" und ABCD unter dem Schlüssel "Hilda" in einem RefpkG 'my-refpkg "hinzu Boris Hilda = ABCD Wenn eine Datei bereits unter einem bestimmten Schlüssel vorhanden ist, wird es überschrieben. Durchführen von Taxit-Update Die Option --Metadata macht die Metadaten anstelle von Dateien aktualisiert. Um das Autorfeld zum "GGHGHIS Khan" und der Version auf 0.4.3 einzustellen Erstellt eine CSV-Datei, die Linienbeschreibungen für eine Reihe von Taxa-Streifen beschreibt, entfernt alle Rollback- und Rollforward-Informationen und -dateien, die nicht dem aktuellen Status von einem RefpkG angehängt sind. $ Taxit Strip My-Refpkg Rollback Rollback A RefPKG, um den vorherigen Befehl rückgängig zu machen. $ Taxit Rollback MY-REFPKG Sie können auch -n # angeben, um die Anzahl der Vorgänge anzugeben, um zurückzugeben (Standardeinstellungen auf 1), wie in $ Taxit Rollback -n 3 MY-REFPKG ROLLFORWARD ROLLFORWOHN EINER ROLLED BACK-Befehl auf einem RefPKG. $ Taxit RollForward my-refpkg Sie können auch -n # angeben, um die Anzahl der Operationen anzugeben, die die Anzahl der Vorgänge angibt (Standardeinstellungen auf 1), wie in $ Taxit Rollforward -n 3 My-RefPKGOptional-Argumente: -H, --help Diese Hilfe anzeigen Nachricht und Beenden -V, --Version Drucken Sie die Versionsnummer und die Ausfahrt -V, --verbose Erhöhung der Verspotung der Bildschirmausgabe (z. B. -V ist ausführlich, -vv mehr so) -Q, --quiet unterdrücken Ausgangspunkt: Taxit. PYC Die Homepage des Produkts

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