gtf_to_genes. FAST GTF-Parser
Jetzt downloaden

gtf_to_genes. Ranking & Zusammenfassung

gtf_to_genes. Stichworte

Parser Gene GTF-Parser GTF an Gene. Gtf

gtf_to_genes. Beschreibung

FAST GTF-PARSER. gtf_to_genes bietet einen extrem schnellen, leichten Weg, um auf Gen-Daten zuzugreifen, die im GTF-Format gespeichert sind. Die analysierten Daten werden in einem intuitiven: GEN -> Trancript -> Trancript mit den Ascript-Exons gespeichert, die als Intervalle ausgerüstet werden, ist auf: * Cache-Daten im Binärformat, Was in <10s in <10s wieder gelesen werden kann, dass selbst das größte entgriffene anfängliche Analyse-ENSEMBL-Homo-Sapiens-Release 56 um 4,5 Minuten dauert. Die binären Daten können in <10s neu geladen werden. Diese enthält * Alle * der Datenstruktur in der ursprünglichen GTF FileNote, dass wir die Speicherverwendung für Geschwindigkeit opfern. Dies ist selten ein Problem für moderne Computer- und Genomgrößen (es gibt rund ~ 400.000 Exons, aber es gibt als Intervalle / Int-Paare gespeichert) ein einfaches Beispiel :: gene_structures = t_parse_gtf ("Mus-Muskulus") # # Gebraucht zwischengespeicherte Daten für Geschwindigkeit # ignore_cache = false # # Het alle Protein-Codierungsgene nur # Genes_by_type = Gene_structures.get_Genes (GTF_FILE, Logger, , ignore_cache = ignore_cache) # # # -drupt-Gen-Zählungen # T_PARSE_GTF.LOG_GENE_TYPES (logger, Gene_by_Type) Return Genes_by_Type Anforderungen an : · Python

gtf_to_genes. Zugehörige Software