Zentrale Proteomikeinrichtungen Pipeline

Eine Pipeline für die Analyse von MS / MS-proteomischen Daten
Jetzt downloaden

Zentrale Proteomikeinrichtungen Pipeline Ranking & Zusammenfassung

Anzeige

  • Rating:
  • Lizenz:
  • CDDL
  • Name des Herausgebers:
  • David Trudgian
  • Website des Verlags:

Zentrale Proteomikeinrichtungen Pipeline Stichworte


Zentrale Proteomikeinrichtungen Pipeline Beschreibung

Eine Pipeline für die Analyse von MS / MS-Proteomic-Daten Zentrale Proteomikeinrichtungen Pipeline (CPFP) ist eine Pipeline für die Analyse von MS / MS-Proteomic-Daten, die auf den Bedürfnissen der akademischen Proteomik-Kerneinrichtungen ausgerichtet sind. Die Pipeline verwendet mehrere Suchmaschinen und die TRAN-Proteomic-Pipeline (TPP) -Tools, um eine einfache und robuste Suche, Validierung und die Quantifizierung von LC-MS / MS-Proteomic-Datensätzen bereitzustellen. Das CPFP unterstützt derzeit Suchanfragen mit Maskottchen (Matrix Science), Tandem (Native und K-Score) und Omsa. Ein einzelnes Formular ermöglicht die Einreichung aller drei Programme, ohne dass Parameterdateien erstellt werden müssen, ohne dass Parameterdateien erstellt werden müssen. Die Verarbeitung wird mit Aufträgen auf einem GRIDEngine-Cluster durchgeführt, sodass die Pipeline leicht als Datenträgervolumen verkleinert werden kann analysiert werden. ITRAQ und Isotop-markierte Quantiation (Silac / Heavy Dimethyl / ICAT) können innerhalb der Pipeline durchgeführt werden.CPFP wurde an der Universität Oxford geschrieben, wo es aktiv entwickelt und täglich verwendet wird, um die Bedürfnisse der Kernanlage von Oxford zu unterstützen. Es wird hier als Open-Source-Software unter der CDDL-Lizenz freigegeben.


Zentrale Proteomikeinrichtungen Pipeline Zugehörige Software

Über uns