Tracer Tracer ist ein Programm zum Analysieren der von Bayesian MCMC-Läufen generierten Trace-Dateien.
Jetzt downloaden

Tracer Ranking & Zusammenfassung

Tracer Stichworte

TIER Trace Analyzer. Bayesian McMC. Bayesian Analyzer. Lamarc. MrBayes.

Tracer Beschreibung

Tracer ist ein Programm zum Analysieren der von Bayesian MCMC-Läufen generierten Trace-Dateien. Tracer ist ein Programm zur Analyse der von Bayesian-MCMC-Läufen generierten Trace-Dateien (dh der von der Kette abgetasteten kontinuierlichen Parameterwerte). Das Projekt kann verwendet werden, um Runs of Biest, Lamarc, MrBayes und möglicherweise andere MCMC-Programme zu analysieren. Der Tracer kann mit anderen Programmen als Biest verwendet werden. Benutzer werden dringend empfohlen, sich der Biest-Mailingliste anzuschließen. Dies wird verwendet, um neue Versionen anzukündigen und Benutzer zu Bugs und Problemen zu beraten. Sie können sich hier an der Mailingliste anschließen: http: //groups.google.com/group/beast-usershas Website für Biest (und Tracer) ist hier: http : //beast.bio.ed.ac.uk/at vorhanden Es gibt kein detailliertes Handbuch für diese Anwendung, Sie müssen einfach herumspielen und sehen, was passiert. Grundsätzlich können Sie die Trace-Datei oben links im Fenster auswählen, der einzelnen Parameter unten links und die Analyse erscheint auf der rechten Seite. Es gibt 4 Analyse-Registerkarten zur Auswahl: · Schätzungen - Dies zeigt den Mittelwert, Stdev, Vertrauen Intervalle und andere Statistiken zum ausgewählten Parameter. Eine Frequenzverteilung wird ebenfalls aufgetragen. · Dichte - Dies zeigt das Bayesian-Posteriordichtediagramm für den ausgewählten Parameter. · Joint-Marginal - Dies erscheint nur, wenn genau 2 Parameter ausgewählt werden (Halten Sie die Umschaltung, um mehrere Parameter auszuwählen). Es packt dann einen gegen den anderen, um ihre Gelenkgrenze-Verteilung anzusehen. · Trace - Dies zeigt die Spur des Parameters gegen die Zustands- oder Erzeugungsnummer. Verwenden Sie diese Option, um das Mischen zu überprüfen, eine geeignete Einbrenne auszuwählen, und nach Trends suchen, die Probleme mit der Konvergenz empfehlen können. Multiple-Parameter können durch Halten der Umschalttaste ausgewählt werden. Dadurch werden die Parzellen für die verschiedenen Parameter überlagert, mit denen Vergleiche möglich sind. Sie können auch mehrere Trace-Dateien auswählen, um verschiedene Läufe zu vergleichen. Wenn mehrere Trace-Dateien die gleichen Trace-Namen haben, wird dann automatisch ein "kombinierter" Trace angezeigt. Dies kann sowohl als auch die einzelnen Trace-Dateien ausgewählt werden. Sie können auch die "Demografische Analyse" aus dem Analysemenü auswählen - diese Plots Die Verteilung der demografischen Bevölkerungsgrößen im Laufe der Zeit für eine Reihe von Modellen (ständige Größe, exponentielles Wachstum und logistisches Wachstum ), die im Biest verfügbar sind. Dies beinhaltet, dass Sie die Spuren für jeden Parameter des Modells auswählen. Sie sollten nur das Modell auswählen, das tatsächlich unter Biest ausgeführt wurde (z. B. wenn Sie ein exponentielles Wachstumsmodell ausgeführt haben, sollten Sie das konstante Bevölkerungsgröße nicht aufzeichnen. Das Menü "Analyse" enthält auch Optionen für die Durchführung von Bayeser-Skylinenrekonstruktionen und für Die Berechnung der Bayes-Faktoren zwischen den Läufen Die derzeit angezeigte Grafik verwendet die Funktion "PDF exportieren" im Menü "Datei" in der "Datei". Plotten · Export von Grafiken als PDFs und Rohdaten aus den meisten Ansichten · Berechnung von Bayes-Faktoren, um Läufe mit verschiedenen Modellen zu vergleichen FÖSUNGEN · Schnellere und genauere ESS-AnalysisBugs behoben: · Dies ist ein fast vollständiger neuschreiben, sodass alle Fehler neu sind

Tracer Zugehörige Software