Staden-Paket STADEN-Paket ist ein vollständig entwickeltes Set von DNA-Sequenzanordnung, Bearbeitungs- und Analyse-Tools.
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Staden-Paket Ranking & Zusammenfassung

Staden-Paket Stichworte

Datenanalysator Reihenfolge Montage Dna. DNA-Sequenz Sequenzanordnung

Staden-Paket Beschreibung

STADEN-Paket ist ein vollständig entwickeltes Set von DNA-Sequenz-Baugruppen, Bearbeitungs- und Analyse-Tools. Staden-Paket ist ein vollständig entwickelter Satz von DNA-Sequenz-Baugruppen (GAP4), Bearbeitungs- und Analyse-Tools (Spin) für Unix, Linux, MacOSX und MS Windows.on Die GAP-Front gibt es mehrere minderjährige Verbindungsheilkämpfe, in denen es sich in der Suche anschließt Interne Verbindungen und die Funktionalität der ALIGN-Taste in dem Join-Editor.Alle der Folge von GAP4 sind die verschiedenen Änderungen an IO_LIB (TheLibrary für alle E / A bis zu verschiedenen Trace-Datei-Formaten). Mit dem Ergebnis eines neuen HASH_EXP-Programms können Sie jetzt Experimentierdateien zusammenstellen und indiziert werden. Die Liste der experimentierenden Experiments-Datei namessHould kann den GAP4 geliefert werden, vorausgesetzt, der EXP_PATH-Umfeld wurde jedoch korrekt gesetzt. GAP wurde in der Lage sein, einzelne Folgen aus dem verketteten Experiment FileAriment einzuholen. Verbesserungen der Benutzeroberfläche hierfür müssen noch BEMADE benötigt.454 SFF-Archive sind jetzt besser unterstützt. Die InticsNow-Arbeit von Defsult 454, obwohl das Hash_SFF-Programm verwendet werden kann, um die analternative Indexierungsstrategie (möglicherweise schneller in einigen Fällen) .gap4 und Trev auch einen weiteren Trace-Display-Stil für Spuren aufzunehmen. 1 Sample Scan (X4-Kanäle) pro Basisanruf. In diesem Fall zeichnen sie 4 Vertrauenswerte anstelle von 1 pro Basis. Diese Abkürzung ermöglichen eine bessere Integration von Solexa-Spuren, wenn mehr erhältlich ist, wenn mehr verfügbar ist.plus natürlich die übliche Mischung aus Fehlerbehebungen und kleineren Tweaks. Sehen Sie sich das Full-Change-Protokoll für Details (über die QuelleForge-Site). Andere bemerkenswerte ÄnderungenGAP4 · Verschiedene Verbesserungen von SNP-Kandidaten. Der "Korrelationsversatz" ist nun einstellbar (dies steuert die durchschnittliche Korrelationsspieler, die erforderlich sind, bevor Gruppen für die automatische Zusammenführung in Betracht gezogen werden). SNP-Base-Anrufe arbeiten jetzt, indem er einen Konsens erzeugt, anstatt 100% identisch zu erfordern. Es überspringt jetzt Sequenzen, die eine Refs-Note enthalten. Das Zusammenführen kann zwingen, bis die Anzahl der Gruppen weniger als oder gleich einer vorbestimmten Menge (NB: nicht in der Regel ideal ist). · Shuffle-Pads hat jetzt einen Parameter "Bandgröße" für die Ausrichtung. Auch bei verschiedenen Stellen fixiert. · Der alte Editor-Shuffle-Befehl wurde durch Streifenkissen ersetzt. Es entfernt nun nur ganze Spalten von Pads und überhaupt keine Pad-Bewegung. · Der Join Editor ALIGN-Button wird nun besser mit dem Umgang mit langen Ausrichtungen in wiederholten Daten umgehen, hoffentlich das "zu lange für den praktischen Einsatz der dynamischen Programmierung" -Meldung in solchen Fälle. Es hat jetzt auch "" Tasten auf beiden Seiten der "ALIGN" -Taste. Diese Anker ein Ende der Ausrichtung an die aktuelle Überlappungsposition und richten dann nur von diesem Punkt nach links oder nach rechts aus. Dies hilft, eine Ausrichtung an Anker an einem bestimmten Ort zu erzwingen, der nützlich ist, der beim Ausrichten von Daten, die aus mehreren Wiederholungselementen bestehen, nützlich ist. · Ausrichtungen, die von den internen Joins gefunden wurden, berücksichtigen nun die Ausrichtungsergebnisse zusätzlich zu der prozentualen Identität. Dies bedeutet, dass bei 100% igen nicht mehr eine 100-bzw.-Überlappung mehr als eine bessere Überlappung als eine 2KB-Überlappung bei 99% identisch betrachtet wird. · Das CONTIP-Navigationsfenster hat jetzt die Page-Up- und Seiten-Tastaturen für die vorherige und nächste Übereinstimmung. Es bietet auch die Möglichkeit, Spuren in den entsprechenden Regionen mit den CONTIG-Editoren "Auto-Display Traces" -Funktionalität automatisch anzuzeigen. · Das Fenster "Ansichtsliste" hat jetzt eine speichernde Button.IO_LIB · Neue Programme: Hash_exp, Hash_SFFF, Append_sff, Extract_Fastq . · In Trace_Path- und Exp_Path-Umgebungsvariablen hinzugefügt, um RawData (beim Definieren) bevorzugt zu verwenden. · Nun verwendet Libcurl anstelle von Wget für viel schneller webbasierter Spurenabrufe.

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