Slidemap ein Perl-Modul zur Erstellung von Microarray-Slide-Karten
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Slidemap Beschreibung

Ein Perl-Modul zur Erstellung von Microarray-Slide-Karten SlidMAP ist ein Perl-Modul für die Erstellung von Microarray-Slide-Maps.Synopsis Verwenden Sie SlidMap; $ sm = Slidemap-> Neu (Maschine => "Arrayer", x_pin => 2, y_pin => 6, xspacing => 0, yspacing => 0, x_repeat => 1, y_repeat => 1); $ sm-> Initialize; $ sm-> fill_map; $ map_ref = $ sm-> getmap; ($ array_row, $ array_col, $ meta_row, $ meta_col, $ sub_row, $ sub_col) = $ sm-> convert_well ($ plate_num, $ gut); ($ plate_num, $ gut, $ plate_row, $ plate_col) = $ sm-> convert_spot ($ array_row, $ array_col); ($ _Meta_Row, $ _ meta_col, $ _ sub_row, $ _ sub_col) = $ sm-> get_meta ($ array_row, $ array_col); $ sm-> setmachine ("Arrayer"); $ arrayer = $ sm-> getunchine; $ sm-> setprinthead (2, 6); ($ x_pin, $ y_pin) = $ sm-> GetPrinthead; $ sm-> setblockdimensions (25, 24); ($ x_spacing, $ y_spacing) = $ SM-> GetBlockDimensions; $ sm-> setnocomplement (); $ NOCOMPLENT = $ SM-> GETNOMPLUNG; $ sm-> setrepeats (, ; ($ x_repeat, $ y_repeat) = $ sm-> getrepeatmode; $ sm-> setrepeatmode (); $ repectmode = $ sm-> getrepeatmode; $ sm-> setformat (); $ plate_format = $ sm-> getformat; $ SM-> SETPRINTDIRECTION (); $ richtung = $ sm-> GetPrintDirection; $ SM-> SetPlapsorder (""); $ plate_order = $ SM-> GetPlacher; ($ max_array_row, $ max_array_col) = $ sm-> getarrraydimensions; ($ x_pitch, $ y_pitch) = $ sm-> getpitch; $ nummer_of_spots = $ sm-> getnumspots; $ sm-> diagnostics; $ sm-> print_spots (); $ sm-> print_wells (); $ sm-> showconvertwell; $ SM-> SHOWCONVERTSPOT; SLIDEMAP wird verwendet, um eine Zeilen- / COL-> -Produkt- / Gun-Karte eines Microarray-Rutschens zu erstellen. Es enthält noch nicht das Anmerkungsdaten in die Karte, sondern erstellt einfach das Kartenobjekt basierend auf den Eingabeparametern. Die Karte ist eine bestellte Liste von Flecken mit Verweisen auf annachliche Arrays, die array_row, array_col, plate_alias, gut. Slidemap unterstützt derzeit 5 Arten von Arrayern: IAS (Standard), MD, MD3, Lucidia und Stanford. (Andere werden nach Bedarf umgesetzt.) Slidemap bietet zwei Methoden zur Umwandlung von Spots-> Wells und Ruisse-Versa, basierend auf instaniierten Parametern.Die Hauptparameter sind: Maschine: Die Art der verwendeten Array-Druckmaschine (IAS ist der Standardwert) x_pin: Die Anzahl der Druckkopfstifte in der 'x' (Plate_Row) -Bemaßung y_pin: Die Anzahl der Druckkopfstifte in der Abmessung 'y' (plate_pol = 2 und y_pin = 6 sind die Standardeinstellungen) x_spacing: das Anzahl der Flecken in einer Zeile eines Blocks auf dem Array Y_Spacing: Die Anzahl der Flecken in einer Spalte eines Blocks auf dem Array (x_spacing = 24, und y_spacing = 25 sind die Standardeinstellungen) x_repeat: Die Anzahl der wiederholten Block in der ' X 'Dimension (Standard = 1) y_repeat: Die Anzahl des wiederholten Blocks in der' y'-Dimension (Standard = 1) Anforderungen: · Perl.

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