Rdkit. Cheminformatik- und Maschinenlernen-Software
Jetzt downloaden

Rdkit. Ranking & Zusammenfassung

Rdkit. Stichworte

Lernen Python-Bibliothek Maschine maschinelles Lernen Cheminformatik lernen Cheminformatics

Rdkit. Beschreibung

Cheminformatics und Machine Learning Software RDKit ist eine Python-Bibliothek mit Datenstrukturen, Algorithmen und Skripte für cheminformatics.General Molecular Funktionalität Input / Output: SMILES, mol, SDF, TDT Cheminformatics: - Unterbau Suche mit SMARTS - Canonical SMILES - Chiralität Unterstützung - Einfache Serialisierung (Molekül Text) 2D-Darstellung (einschließlich eingeschränkter Darstellung) Erzeugung von 2D -> 3D über Distanzgeometrie UFF Implementierung zur Reinigung Geometrien Fingerprinting (Daylight-like, MACCS Tasten, etc.) Ähnlichkeit / Vielfalt pickingGeneral Molecular Funktionalität, CNTD Subgraph / Fragmentanalyse Gasteiger Gebühren Form-basierte Ähnlichkeit Molekül-Molekül-Ausrichtung Molekulare Transformationen (unter Verwendung von SMARTS) Allgemein QSAR Funktionalität Molekulardeskriptorwertes Bibliothek: - Topologische (3, Balaban J, etc.) - elektrotopologische Zustand (EState) - ClogP, MR - MOE wie VSA-Deskriptoren - andere Lernen: - Clustering - Entscheidungsbäume, naive Bayes *, kNN * * Funktional, aber nicht eine große Implementierung - Absackung, zufällige Wälder - Infrastruktur: Daten Splitting schlurfenden Out-of-Tasche Klassifizierung serializable Modelle Anreicherung Plots, Screening, etc.Command Zeilen-Tools ML / BuildComposite.py: Build-Modelle ML / ScreenComposite.py: Bildschirm-Modelle ML /EnrichPlot.py: erzeugt Anreicherung Plotdaten ML / AnalyzeComposite.py: analysieren Modelle (Descriptor Level) Chem / Fingerabdrücke / FingerprintMols.py: erzeugen 2D-Fingerabdruck Chem / BuildFragmentCatalog.py: CASE-Typ-Analyse mit einem hierarchischen Katalog Bedarf : · Python Was ist neu in dieser Version: · Die Verzeichnisstruktur der Verteilung wurde zu machen, um die Installation des RDKit Python Module einfacher geändert. Insbesondere das Verzeichnis $ RDBASE / Python wurde an $ RDBASE / RDKit und der Code nun erwartet Python umbenannt, dass $ RDBASE in Ihrem PYTHONPATH ist. Wenn RDKit Python-Module zu importieren, sollte man jetzt tun: aus RDKit Import Chem anstelle von Import-Chem. Old-Code wird an die Arbeit fortsetzen, wenn Sie auch $ RDBASE / RDKit zu Ihrem PYTHONPATH hinzufügen, aber es wird dringend empfohlen, dass Sie Ihre Skripte zu aktualisieren, um die neue Organisation zu reflektieren. · Für C ++ Programmierer: Es gibt eine nicht-rückwärtskompatibel Änderung der Art und Weise Atom und Bindungen an Molekülen gespeichert. Siehe den * Andere * Abschnitt. Anerkennungen · Kirk DeLisle, Noel O'Boyle, Andrew Dalke, Peter Gedeck, Armin Widmer Fehlerbehebungen · Falsche Handhabung von 0s als Ringschluss Ziffern (Ausgaben 2.525.792 und 2.690.982) · Falsche Handhabung von Atomen mit expliziten Hs in Reaktionen (Ausgabe 2.540.021) · SmilesMolSupplier.GetItemText () stürzt ab (Ausgabe 2.632.960) · Falsche Handhabung von Punktabständen in Reaktion SMARTS (Ausgabe 2.690.530) · Bad Ladeleitungen in mol Blöcken für große Moleküle (Ausgabe 2.692.246) · Auftrag Abhängigkeit in AssignAtomChiralTagsFromStructure (Ausgabe 2.705.543) · Auftrag Abhängigkeit in dem 2D-Code Pharmakophor · Die LayeredFingerprints jetzt Griff nicht-aromatischen Einzelring Bindungen zwischen aromatischen Atomen korrekt. Neue Eigenschaften · BRICS Umsetzung · Morgan / Kreis Fingerabdrücke Implementierung · Der 2D-Pharmakophor-Code verwendet jetzt Standard RDKit FdEF Dateien. · Atom Paritätsinformationen in CTABs jetzt geschrieben und gelesen werden. Falls vorhanden auf das Lesen, atom Paritätsflags werden im atomaren Eigenschaft molParity gespeichert. · Ein optional fromAtoms -Argument ist die Atompaare und topologische Torsions Fingerabdrücke hinzugefügt. Wenn dies vorgesehen ist, nur Atompaare einschließlich der angegebenen Atomen oder Torsionen, die entweder an den angegebenen Atome beginnen oder enden, werden in dem Fingerabdruck aufgenommen werden. · Kekulization ist nun optional, wenn CTABs zu erzeugen. Da die MDL spec legt nahe, daß aromatische Bindungen nicht verwendet werden, wird dies in erster Linie für Debugging-Zwecke bestimmt ist. · Die removeStereochemistry () (RemoveStereoChemistry () von Python) Funktion wurde alle stereochemischen Information von einem Molekül entfernen hinzugefügt. Andere · Die Qt3-basierte GUI-Funktionalität in $ RDBASE / RDKit / QtGui und $ RDBASE / Projekte / SDView ist veraltet. Es sollte immer noch funktionieren, aber es wird in einer zukünftigen Version entfernt werden. Bitte nicht bauen etwas Neues auf diese (sehr alt und knarrende) Rahmen. · Die Funktion DaylightFingerprintMol () ist veraltet, verwenden RDKFingerprintMol () statt. · Für C ++ - Programmierer: Die ROMOL-Methoden Getatompmap () und GetBondPMAP () wurden entfernt. Die Moleküle selbst unterstützen nun ein Bediener [] () -Methode, mit dem Graph-Iteratoren konvertiert werden können (z. B. Romol: Edge_iterator, Romol :: vertex_iterator, Romol :: benachbart_iterator) zu den entsprechenden Atomen und Anleihen. Neue API für die Schleifen der Anleihen eines Atoms: ... Molpptr ist ein const Romol * ... ... Boost :: Tie (Bett, Ende) = Molpptr-> Getatomonds (atompth); während (betteln! = Ende) {const bond_sptr bond = (* molpptr) ; ... tun Sie etwas mit der Anleihe ... ++ betteln; } Neue API für das Schleifen der Atome eines Moleküls: ... Mol ist ein Romol ... Romol :: vertex_iter atbegin, eitel; Boost :: Tie (ATBEGIN, ATEND) = Mol.getvertices (); während (atbegin! = atald) {atom_sptr at2 = mol ; ... tun Sie etwas mit dem Atom ... ++ Atbegin; }

Rdkit. Zugehörige Software