Prosat Proteinrückstand Anmerftoolkit
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Prosat Ranking & Zusammenfassung

Prosat Stichworte

Erbauer Modelle Proteinsequenz Svm SVM-Modelle Aminosäurereste

Prosat Beschreibung

Proteinrückstand Anmerkungstoolkit ProSat ist ein Satz von Programmen, mit denen das Bauen von SVM-basierten Modellen zum Annotieren von Aminosäureresten in Proteinsequenzen unter Verwendung von benutzergerichteten Funktionen (wie PSI-BLAST-Profile oder PSIPRED-Profile) ermöglichen. Insbesondere erstellt das Toolkit Merkmale mit einem Fenster um den Rückstand und ist zusammen mit einer speziellen Kernelfunktion (Normalized Second Order Exponential Kernelfunktion NOE) zusammen mit der Standard-SVM-Kernel-Funktion ausgestattet. * ProSat_Learn ist das Programm, um "n" ein- und--ausruhige Klassifizierungsmodelle lernen, wobei n die mögliche Anzahl von Anmerkungen ist. Es kann auch ein Support-Vektor-Regressionsmodell erlernen, um einen schwebenden Punktwert vorherzusagen. * ProSat_Predict ist das Programm, um die Anmerkung für jeden Rückstand von den eingebauten Modellen vorherzusagen und ein L xn-Dimensionsprofil auszugeben, indem die Punktzahl von jedem der N one-gegen-Rest-SVM-Modelle für jeden Aminosäurerückstand ausgegeben wird, und l ist die Länge der Proteinsequenz. Im Falle eines Regressionsmodells ist n = 1 * prosat_eval das Programm, um die verschiedenen Parameter wie Kernel-, Fensterlängen und Regularisierungsparameter auszuwerten. ProSat_EVAL führt automatisch eine Kreuzvalidierung durch und meldet die Standardklassifizierung und Regressionsleistung. Bitte verwenden Sie das Perl-Skript CV_Script.pl, um die Modellauswahl automatisch auszuführen und das beste Klassifizierungs- oder Regressionsmodell für das Problem zu trainieren.

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