Phylograph Phyminis ist ein Programm, das entwickelt wurde, um evolutionäre Beziehungen in Familien homologer Gene zu visualisieren und zu studieren.
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Phylograph Beschreibung

Phyminis ist ein Programm, das entwickelt wurde, um evolutionäre Beziehungen in Familien homologer Gene zu visualisieren und zu studieren. Der Phyminis ist ein Programm, das entwickelt wurde, um evolutionäre Beziehungen in Familien homologer Gene oder Proteine (Elemente) zu visualisieren und zu studieren. Der Phyminism ist ein Zeichnungswerkzeug, das benutzerdefinierte Grafiken für einen bestimmten Satz von Elementen erzeugt. Im Allgemeinen ist es möglich, einen Phymer zu verwenden, um jede Art von Beziehungen zwischen den Elementen zu visualisieren und Farbe basierend auf der Ähnlichkeit von Genen oder Proteinen (Entfernungsmatrix). Die Position jedes Knotens in der Grafik ist flexibel und vom Benutzer eingestellt, um die Visualisierung der Inter-Beziehungen zwischen den Knoten zu optimieren. Folglich haben die physikalischen Entfernungen in der Grafik zwischen den Knoten keinen Informationsgehalt im Gegensatz zu klassischen phylogenetischen Bäumen. Das Niveau der Ähnlichkeit zwischen Genen oder Proteinen auf den Diagrammen des Phymins wird durch Farb- und Leitungsdicke angezeigt. Der Phymograph ist in TCL / TK geschrieben und arbeitet an UNIX / Linux oder Fenstern, die das TCL / TK-Toolkit unterstützt. Macintosh-Computer können aufgrund der One-Button-Maus ein Problem auftreten. Die kritischen Eigenschaften von Diagrammen im Allgemeinen sind, welche Punkte mit welcher Linien angeschlossen sind. Die Grundelemente und Merkmale eines Diagramms sind das: Scheitelpunkt (Knoten), Rand, Grad eines Scheitelpunkts (Anzahl der Kanten, die es berühren), Größe (Anzahl der Scheitelpunkte), Pfad (eine Route von Scheitelpunkt an Scheitelpunkt), Länge des Pfads (Anzahl der Kanten in einem Pfad), planaren und nicht planaren Graphen (Diagramm ist planar, wenn es auf einer Ebene gezeichnet werden kann, so dass die Kanten nur an den Scheitelpunkten schneiden), Abstand (kürzester Pfad), Durchmesser (längster Abstand zwischen zwei Scheitelpunkten), isolierter Scheitelpunkt (ein Scheitelpunkt von Grad Null), benachbarte Scheitelpunkte (verbunden durch eine Kante), Nachbarschaft (angrenzende Scheitelpunkte) und andere (Sie können unsere Sammlung von Weblinks überprüfen). Ein Baum ist ein angeschlossenes Diagramm, das keine Zyklen enthält.

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