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Peptid :: Pubmed ist ein Perl-Modul, das Peptidsequenzen von MEDLINE-Artikelabstracts extrahieren kann. Peptid :: Pubmed ist ein Perl-Modul, das Peptidsequenzen von MEDLINE Artikel abstracts abstracts extrahieren kann.Synopsis Verwenden Sie Peptid :: Pubmed; $ PARSER = Peptid :: PubMed-> NEU; $ in = {pmid => q , Autor => q , journal => q , Title => q , Abstrakt => Q , Mesh => q , Chemie => q ,}; $ PARSER-> parse_abstract ($ in); # Holen Sie sich die Peptidsequenzen in 1 Buchstaben-Symbolen (wählen Sie alle Wörter, in denen das # kombinierte Wort / abstrakte Punktzahl über der Schwelle ist: # Wordabstscore> = Wordabstscoremin): @Seqs = $ Parser-> get_Seqs; drucken "@Seqsn"; # Drucke: 'Eyhhynk RGD'Examples # identisch wie oben, Set-Schwellenwert explizit: $ PARSER-> Wordabstscoremin (0,4); @Seqs = $ Parser-> get_seqs; # Legen Sie den niedrigen Schwellenwert ein, um mehr Peptidsequenzen zu erhalten (aber zu einem Kosten, um # mehr falsche Positive zu erhalten) $ Parser-> Wordabstscoremin (-1); @Seqs = $ Parser-> get_seqs; drucken "@Seqsn"; # Drucke: 'Eyhhynk RGD ACCCGTNA VEGFRI' # Reset-Schwellenwert zurück: $ PARSER-> Wordabstscoremin (0,4); # Holen Sie sich mehr Daten für die Zusammenfassung: $ ABST = $ PARSER-> GET_ABST; drucken "$ abst -> {abstscore} n"; # Abstrakte Punktzahl, im Intervall Intervalldruck "$ abst -> {abstmtext} n"; # Zusammenfassung mit markierten Sequenzen: # 'Peptidsequenzen Eyhhynk und Arg-GLY-ASP, # aber nicht ACCCGTNA oder VEGFRI.' # Holen Sie sich mehr Daten für die Wörter, zusätzlich zu Peptidsequenzen: @Words = $ Parser-> get_words; für mein $ word (@ words) {# kombinierte Wort / abstrakte Punktzahl, in der Intervalldruck "$ word -> {wordabstscore} n"; # Wort wie in der abstrakten, zB 'arg-gly-asp,' drucken "$ wort -> {wordorig} n"; # Peptidsequenz in 1 Buchstaben-Symbolen, zB 'RGD' drucken "$ word -> {Wortsequence} n"; } # Es gibt keine obligatorischen Eingabefelder. Dies funktioniert auch, kann aber niedrigere Punktzahl geben. $ in = {abstrakt => q ,}; $ PARSER-> parse_abstract ($ in); @Words = $ Parser-> get_words; # Es werden keine Peptidsequenzen in leerer Eingabe gefunden: $ in = undef; $ PARSER-> parse_abstract ($ in); @Words = $ Parser-> get_words; Anforderungen: · Perl.

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