NATRIUM Natrium, die Ionen um biologische Makromoleküle anordnen.
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NATRIUM Ranking & Zusammenfassung

NATRIUM Stichworte

Ionenarranger. NATRIUM

NATRIUM Beschreibung

Natrium ordnet Ionen um biologische Makromoleküle an. Dieses Programm setzt die erforderliche Anzahl von Natriumionen um ein System elektrischer Ladungen, z. B. die Atome eines biologischen Makromoleküls (Protein, DNA, Protein / DNA-Komplex). Die Ionen befinden sich in den Knoten eines kubischen Gitters, in dem die Elektrostatische Energie erzielt die kleinsten Werte. Die Energie wird nach der Platzierung jedes Ions neu berechnet. Eine einfache coulombische Formel wird für die Energie verwendet: Energie (R) = Sum (I_ATOMS, IONS) Q_I / | R-R_I | Alle Konstanten werden aus dieser Formel abgesetzt, was zu einigen seltsamen Energieeinheiten führt; das spielt nicht für den Zweck des Energievergleichs. Um das Programm hoch zu beschleunigen, werden die Atome des Makromoleküls auf die Netzknoten nachst, die ihren ursprünglichen Standorten am nächsten liegen. Es wird angenommen, dass der resultierende Fehler als gering minderjährig ist. von der Verwendung der vereinfachten Energiefunktion. Die Koordinaten der platzierten Ionen werden im PDB-Format für weitere Nutzung ausgedruckt. Es wird empfohlen, dass die platzierten Ionen in einer separaten Monte-Carlo- oder Molekulardynamiksimulation äquilibriert werden. Triviale Modifikationen an das Programm sollten die Platzierung einer Kombination von mehrwertigen Ionen unterschiedlicher Ladungen ermöglichen.

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