LFPY. ein Modul zum Modellieren von lokalen Feldpotenzialen, die auf Neuron gebaut wurden
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LFPY. Ranking & Zusammenfassung

LFPY. Stichworte

Python-Bibliothek Python Neuron

LFPY. Beschreibung

LFPy ist eine Python-Modul zur Berechnung des extrazellulären Potentials aus Multikompartiment neuronen models.It auf dem NEURON-Simulator stützt (http://www.neuron.yale.edu/neuron) und verwendet die Python-Schnittstelle (http: //www.frontiersin. org / Neuroinformatik / 10,338 /neuro.11.001.2009/abstract) es provides.LFPy bietet eine Reihe von einfach zu bedienende Python-Klassen für Ihr Modell einrichten, Ihre Simulationen und Berechnung der extrazellulären Potentiale von Aktivität in Ihrem Modell Neuronen entstehen läuft . Wenn Sie ein Modell bereits in NEURON arbeiten, ist es wahrscheinlich, dass es mit LFPy.The extrazellulären Potentiale an die Arbeit angepasst werden kann von Transströme in mehreren Fächern Neuron-Modelle mit der Line-Source-Methode (Holt und Koch, J Comp berechnet Neurosci 1999), sondern ein Punkt-Source-Verfahren einfacher ist ebenfalls verfügbar. Die Berechnungen setzen voraus, dass das Neuron durch ein unendliches extrazelluläre Medium mit homogener und frequenzunabhängig Leitfähigkeit umgeben ist, und die Abteile angenommen werden von der Elektrode zu einem minimalen Abstand zumindest sein (die vom Benutzer festgelegt werden kann). Weitere Informationen über die Biophysik den numerischen Rahmen zugrunde liegt am kommenden Buchkapitel gebraucht: - K. H. Pettersen, H. Linden, A. M. Dale und G. T. Einevoll: Die extrazelluläre Spitzen und Stromquellendichte in * Handbook of Neural Aktivitätsmessung *, herausgegeben von R. Brette und A. Destexhe, Cambridge, erscheinen Preprint PDF.In die vorliegende Version LFPy hauptsächlich für die Simulation von einzelnen Neuronen ausgelegt ist. LFPy wurde in der Computational Neuroscience Group (http://compneuro.umb.no), Institut für mathemathical Wissenschaften und Technik, an der norwegischen Universität für Life Sciences (http://www.umb.no), in Zusammenarbeit mit der entwickelten Labor für Neuroinformatik (http://www.nencki.gov.pl/en/laboratory-of-neuroinformatics), Nencki-Institut für Experimentelle Biologie (http://www.nencki.gov.pl), Warschau, Polen. Der Aufwand von International Neuroinformatics Coordinating Facility (http://incf.org) und das Research Council of Norway unterstützt wurde (http://www.forskningsradet.no/english) (eScience, NevroNor) .Für Informationen aktualisiert LFPy und siehe Online-Dokumentation, die LFPy Homepage (http://compneuro.umb.no/LFPy).This wissenschaftliche Software steht unter der GNU Public License GPLv3.InstallationThere sind verschiedene Art und Weise zu installieren LFPy: 1. Aus dem Python Package Index mit nur lokalem Zugriff mit Pip installieren --user LFPy als sudoer: sudo pip installieren LFPy2. Aus dem Python Package Index mit nur lokalem Zugriff mit easy_install easy_install --user LFPy als sudoer: sudo easy_install LFPy3. Von Quelle: tar -xzf LFPy-x.x.tar.gz cd LFPy-x.x (sudo) python setup.py installieren (--user) Produkt Homepage

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