Genomik Perl-Erweiterung für verschiedene DNA-Sequenzanalyse-Tools
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Perl-Modul Perl Reihenfolge Dna. DNA-Sequenz Sequenzanalysator.

Genomik Beschreibung

Perl-Erweiterung für verschiedene DNA-Sequenzanalyse-Tools Genomics ist ein Perl-Modul für verschiedene DNA-Sequenzanalysen Dies erfolgt rcursiv von Hash {Taste} Lookups. Ein eindeutiger Schlüssel wird aus jeder Reihenfolge abgetastet und in einem% Hash aufgeführt, wodurch alle SEQEUCNES mit Identkaltasten gleichwertig sind. Die Sequenzen werden gescannt + - das Scanfenster für andere Tasten. Duplikate werden auf der Grundlage der Schlüsselverbreitung oder 5 '-> 3' Richtungen gequetscht. = Head2 Exportnutzung: Rufen Sie die Subroutine an, indem Sie in Reihenfolge senden: 1. \%-Sequenz - ein Hinweis auf einen Hash mit%-Sequenz {$ name} = $ Sequenzstruktur 2. $ filtern_start - Die starren Position in der Reihenfolge, um einen Schlüssel zu geben 3. $ filtern_length - Die Länge des Schlüssels (kürzere Tasten produzieren mehr 'geprunte' Sätze) 4. $ filtern_window - window + - So scannen für Tasten 5. $ filtern_type - "m" = Umleiten Sie Gebietsequenzen, "t" = force UHROUS bis die meisten 3 'Position, "F" = FORCE UMGEBEN ZUM MEISTEN 5' POSITIONMY ($ RefBeyHash_r, $ ReftyHashSeq_R, $ EST_PER_SITE_R, $ Sites_Chosen_R, $ STATS_R) = Genomics :: Filerseq (\% Sequenz, $ filtern_start, $ filtern_length, $ filter_window, $ filtern_type); Subroutine returs das Folgende: 1. $ refneyhash_r - Hash_Reference zu Hash mit Verweisen auf Arrays mit der Taste mit den Sequenznamen. 2. $ refskeyHashSeq_r, - ähnlich, gibt nur die kondensierte Sequenz mit der Taste 3 zurück. $ EST_PER_SITE_R, ein Hinweis auf einen Hash, der den Schlüsselzählwert (Anzahl der dargestellten Tasten) angibt (Anzahl der dargestellten Schlüssel) 4. $ Sites_Chosen_R , ein Hinweis auf einen Hash, der den Schlüsselzählwert (Anzahl der dargestellten Sites) (Anzahl der dargestellten Websites) 5. $ stats_r-Referenz auf einen Hash verschiedener Zählungen mein $ refseq_id_count = $$ stats_r {"refseq_id_count"}; meine $ position_squashed_count = $$ stats_r {"position_squashed_count"}; mein $ key_count = $$ stats_r {"key_count"}; Meine $ my_length_ave = $$ stats_r {"längst_ave"}; drucken "aus $ sEQ_COUNT-Sequenzen ($ my_length_ave), $ refSeq_id_count-IDs wurden in $ position_squashed_count-Sites (genaue Taste) aufgestellt, weiter auf $ Key_Count-Sites von Positions-Iteratation reduziert. "; foreach (Schlüssel (% $ refkeyhash_r)) {drucken" $ _ "; My $ my_name_arr = $$ RefBeyHash_r {$ _}; drucken @ $ my_name_arr; drucken" "; drucken $ {$$ RefBeyHashSeq_r {$ _ _ _ _}}; drucken" "; } Anforderungen: · Perl.

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