GO :: VIEW. Go :: Ansicht ist ein Perl-Modul, das ein GIF- oder PNG-Bild zum Visualisieren des Go DAG erstellt.
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Jpg Gif schafft GIF. schafft JPG. GO DAG

GO :: VIEW. Beschreibung

GO :: Ansicht ist ein Perl-Modul, das ein GIF- oder PNG-Bild zum Visualisieren des GO-DAG erstellt. GO :: Ansicht ist ein Perl-Modul, das ein GIF- oder PNG-Image zum Visualisieren des GO DAG erstellt. Dieses Perl-Modul erzeugt eine Grafik, die die übergeordneten und untergeordneten Beziehungen eines ausgewählten GO-Begriffs anzeigt. Es bietet auch die Visualisierung für das GO :: TermFinder-Perl-Modul, das von der Stanford Microarray-Datenbank (SMD) erstellt wurde. Dieses Modul ist nützlich, wenn er experimentelle oder rechnerische Ergebnisse analysiert, die einen Satz von Genprodukten erzeugen, die möglicherweise eine gemeinsame Funktion oder prozess.Synopsis verwenden können. Meine $ goview = GO :: SELECT-> NEU (-Goid => $ goid, -ontologieProvider => $ ontologie, -annotationProvider => $ Anmerkung, -Dermfinder => @pvalues, -aspect => 'p', -configfile => $ conffil, -imagedir => "/ tmp", -imageurlroot => "http://www.abc.com/tmp", -imagenname => "goview.88.png", -tree => 'up ', -nodeurl => $ gourl, -geneurl => $ geneurl, -pvaluecutoff =>' 0.01 ', -imagelabel => "SGD"); Argument erforderlich Erwartungsdaten und Typ ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- ------------------------------- -goid Keine GEN-Ontologie-ID (GUID). Wenn nichts weitergegeben wird, verwendet das Modul die oberste GUID jedes Ontology-Zweigs (d. H. GOID für molekular_funktion, biologisch_prozess oder cellular_component) -ontologieProvider ja eine Ontologie-Anbieterinstanz. -AndotationProvider Keine Anmerkungsanbieterinstanz. Es ist erforderlich, dass es für das Erstellen von Tree for Go Term Finder-Ergebnis erstellt wird. -Dermfinder Kein Array von Hash-Referenzen, die von der Methode "Findterms" zurückgegeben wurde :: TermFinder-Modul. Es ist erforderlich, dass es für das Erstellen von Tree for Go Term Finder-Ergebnis erstellt wird. -aspect nein. Der Aspekt des Ontologie-Anbieters. Es ist erforderlich, dass es für das Erstellen von Tree for Go Term Finder-Ergebnis erstellt wird. -configFile Ja Die Konfigurationsdatei zum Festlegen der allgemeinen Variablen für das Grafikdisplay. -imagedir Ja Das Verzeichnis zum Speichern der neu erstellten Bilddatei. Es muss Welt (niemand) lesbar und beschreibbar sein, wenn Sie das Bild in das Web anzeigen möchten. -imageURLOT Nein die URL-Wurzel für den -imagedir. Es ist erforderlich, wenn Sie das Bild in das Web anzeigen möchten. -ImageName nein den Namen der Bilddatei. Standardmäßig ist der Name so etwas wie 'goview.xxxx.png'. Der 'XXXX' ist die Prozess-ID. Ein Suffix für das Bild (.png oder .gif) sollte nicht bereitgestellt werden, da dies zur Laufzeit ermittelt wird, abhängig von den Funktionen der GD-Bibliothek. -Treetype-Nr. Der Baumtyp. 1. Up => Zeigen Sie den Ahnenbaum für die gegebene GUID an. 2. Down => Zeigen Sie den Nachkombierbaum für die angegebene GUID an. Standardmäßig wird der nachkommende Baum angezeigt. -geneurl nein die URL für jedes Gen zum Link zu. Es muss den Text in der URL haben, der durch das echte GUID für einen Knoten ersetzt wird. -nodeurl Nein Die URL für jeden GO-Knoten zum Link zu. Es muss den Text in der URL haben, der durch das echte GUID für einen Knoten ersetzt wird. -PVALUECUTOFF NO der P-Wert-Cutoff für Anzeigen der Grafik für Go Term Finder. Die Standardeinstellung ist 0.01 -imagelabel Nein, das Bild-Etikett, das in der linken unteren Ecke der Karte angezeigt wird. --------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- ----------------------- Um das Bild im Web anzuzeigen: $ Goview-> Showgraph; So erstellen Sie den Bilddateinamen mit vollem Pfad: My $ ImageFile = $ Goview-> CreateImage; Anforderungen: · Perl.

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