GO :: Apphandle. Go: Apphandle ist ein Gen-Ontologie-Daten-API-Handler.
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GO :: Apphandle. Beschreibung

GO :: Apphandle ist ein Gen-Ontologie-Daten-API-Handler. GO :: Apphandle ist ein Gen-Ontologie-Daten-API-Handler.Synopsis Verwenden Sie GO :: Apphandle; mein $ dbname = "Go"; # Verbinden Sie sich mit einer Datenbank auf einem bestimmten Host $ apph = GO :: apphandle-> connect (-dbname => $ dbname, -dbhost => $ mysqlhost); # Beispiel 1 # Abrufen eines GO-Begriffs aus dem DataSource $ Term = $ apph-> get_term ({acc => "0003677"}); Printf "Go Term; Name =% s GO ID =% SN", $ Term-> Name (), $ Term-> Public_acc (); # Beispiel 2 # Abrufen einer Liste der Assoziationen in die ER-Nummer (und alle GO-Begriffe, die Untertypen der Er oder # in der Er-Nr.) #, Für die einigermaßen guter Beweisnähte ist (nachverfolgbarer Autor / Direct Assay) $ Assocs = $ apph-> get_associationen ({name => "Endoplasmatic Reticulum"}, {EVCODES => }); Foreach My $ Assoc (@ $ Accessous) {Printf "Gen:% s Nachweis für Association:% s% s", $ Assoc-> Gene_Product-> Symbol, $ Assoc-> Evidenz-> Code (), $ ASSERS> Evidenz-> xref-> xref_key (); } # Beispiel 3 # Abrufen eines Untergraphen von GO $ Graph = $ apph-> get_graph (-Acc => 3677, -depfth => 3); FOREACH MEIN $ STEM (@ {$ graph-> get_all_nodes}) {printf "Go Term; Name =% s GO id =% Sn", $ Term-> Name (), $ SMS-> Public_acc (); . $ it = $ graph-> create_iterator; während (mein $ ni = $ it-> next_node_instance) {$ tiefe = $ niv> tiefe; $ Term = $ niv> Begriff; Printf "% s begriff =% s (% s) // n_assocs =% s // tiefe =% dn", "----" x $ tiefe, $ term-> name, $ term-> public_acc, $ -> n_asociationen || 0, $ Tiefe; . KRT1-13 "]}); # Bauen Sie ein Diagramm bis zum Blattknoten # aus den oben genannten Bedingungen $ Graph = $ apph-> get_graph_by_terms ($ licht, -1); # Erstellen Sie einen Iterator in der Grafik $ IT = $ Graph-> Create_iterator; # IMERATE über jeden Knoten in Grafik, während (mein $ ni = $ it-> next_node_instance) {$ tiefe = $ niv> tiefe; $ Term = $ niv> Begriff; Printf "% s Begriff =% s (% s) // Assocs =% Sn", "----" X $ Tiefe, $ Term-> Name, $ SEST-> Public_acc, Join (";", Map { $ _-> Gen_Product-> ACC} @ {$ term-> Association_list}); } Anforderungen: · Perl.

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