GO :: AnnotationProvider :: AnnotationParSer GO :: AnnotationProvider :: AnnotationParser ist ein Perl-Modul, das eine Gen-Anmerkungsdatei analysieren kann.
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Perl-Modul Parser Anmerkung Gen Gen Annotation Annotationsparser.

GO :: AnnotationProvider :: AnnotationParSer Beschreibung

GO :: AnnotationProvider :: AnnotationParser ist ein Perl-Modul, das eine Gen-Anmerkungsdatei analysieren kann. GO :: AnnotationProvider :: AnnotationParser ist ein Perl-Modul, das eine Gen-Anmerkungsdatei analysiert. . Hinweis, es ist unempfindlich, mit einigen Vorbehalten - siehe Dokumentation unten. Meine $ AnmerkungenParser = GO :: AnnotationProvider :: AnnotationParser-> NEU (ANNOTATIONFILE => "Daten / Gen_ASOCIATION.SGD"); mein $ genename = "aat2"; drucken "Go-Assoziationen für Gen:", Join ("", $ AnnotationParser-> GoidsbyName (Name => $ genename, Aspect => 'p')), "n"; Drucken "Datenbank-ID für Gen:", $ AnmerkungenParser-> DatenbankDyname ($ genename), "n"; Drucken "Datenbankname:", $ AnmerkungenParser-> Datenbankname (), "n"; Drucken "Standardname für Gen:", $ AnmerkungenParser-> StandardNameNameName ($ Genename), "n"; mein $ i; meine @geneneins = $ AnnotationParser-> BestandsständerNamen (); Deeach $ i (0..10) {drucken "$ genenames n"; } GO :: AnnotationProvider :: AnnotationParser ist eine konkrete Unterklasse von Go :: AnnotationProvider und erstellt eine Datenstruktur-Mapping-Gene-Namen, um Anmerkungen zu gehen, indem Sie eine Datei von Anmerkungen des Gene Ontology-Konsortiums analysieren. Dieses Paket enthält Objektmethoden zum Abrufen von Objekten Annotationen, die aus einer 'Gene Associations-Datei analysiert wurden, die vom Gen-Ontologie-Konsortium bereitgestellt wurden. Das Format für die Datei lautet: Zeilen, die mit einem "!" Charakter sind Kommentarleitungen. Spaltenkardinalitätsinhalt -------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- -------------------------------- 01 Datenbank Abkürzung für die Annotationquelle (zB SGD) 11 Datenbankkennung des Anmerkungsentität 21 Standardname der kommentierten Entität 30,1 nicht (wenn ein Gen speziell nicht an den Begriff ankommt) 41 goid der Annotation 51, n Referenz (en) für die Annotation 61 Evidencode für die Annotation 70, n mit oder aus (ein bisschen geheimnisvoll) 81 Aspekt der Annotation (C, F, P) 90,1 Name des Produkts, das 100, n Alias (ES) des kommentierten Produkts 111 ankommt Art der kommentierten Entität (eines von Gens, Transkription, Protein) 121,2 Taxonomische ID des Organismus codieren und / oder Verwendung des Produkts 131 Datum der Annotation yyyymmdd 141 zugeordnet_by: Die Datenbank, die die AnnotationColumns getroffen hat, werden durch Registerkarten getrennt. Für diese Einträge mit einer Kardinalität von mehr als 1 sind mehrere Einträge Rohr, |, delimited.further-Details finden Sie unter: http: //www.geneontology.org/doc/go.annotation.html#filethe folgende Annahmen über die Datei sind gemacht (und sollte true sein): 1. Alle Aliasnamen erscheinen für alle Einträge eines bestimmten kommentierten Produkts 2. Die Datenbankkennungen sind einzigartig, da zwei verschiedene Entitäten nicht dieselbe Datenbank-ID haben können. Anforderungen: · Perl.

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