Eman EMAN ist eine Reihe von wissenschaftlichen Bildverarbeitungswerkzeugen, die in erster Linie auf die Getriebeelektronenmikroskopie-Community abzielen.
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Bild wird bearbeitet Bildverarbeitung nanoskaligen Molekülen EMAN

Eman Beschreibung

EMAN ist eine Reihe von wissenschaftlichen Bildverarbeitungswerkzeugen, die in erster Linie auf die Getriebeelektronenmikroskopie-Gemeinschaft abzielen. EMAN ist eine Reihe von wissenschaftlichen Bildverarbeitungswerkzeugen, die in erster Linie auf die Community der Getriebeelektronenmikroskopie ausgerichtet sind, obwohl er in anderen Bereichen verwendet wird. Es hat einen besonderen Fokus auf die Durchführung einer Aufgabe, die als einzelne Teilchenrekonstruktion bekannt ist. In diesem Verfahren werden Bilder von Nanoskale-Molekülen und molekularen Anordnungen, die in Glaskörper (glasig) Eis eingebettet sind, an einem Transmissionselektronenmikroskop gesammelt und dann mit EMAN verarbeitet, um ein komplettes 3 zu erzeugen -D Recosnuction in Resolutionen nähert sich nun nämlich der atomarischen Auflösung. Bei niedrigen Auflösungsstrukturen (~ 2 nm) kann dies ~ 8 Stunden Computerverarbeitung und ein paar tausend Partikel erforderlich sein auf großen Rechenhaufen können erforderlich sein. In der Tat wird EMAN häufig in Supercomputing-Einrichtungen als Testanwendung für Großrechnung verwendet. Die wissenschaftliche Bildverarbeitung unterscheidet sich von der typischen "Photoshop" -Bildverarbeitung dadurch, dass sie in der Natur analytisch ist. Im EMAN verarbeitete Bilder sind Floating Point Grausecale-Bilder. Das heißt, die Pixelwerte in den Bildern sind als reelle Zahlen dargestellt, nicht als kleine Ganzzahlen (typische GIF / JPG / PNG-Bilder sind für integrale Werte von 0-255 für jedes Pixel beschränkt). Die Prozessung enthält häufig komplexe Bildverarbeitungsvorgänge in Fourier oder Wavelet-Raum. EMAN wurde erstmals 1999 veröffentlicht und ist seitdem unter ständiger Entwicklung. Es besteht aus einer C ++ - Bibliothek von Hunderten verschiedener Bild- / Volumen-Verarbeitungsalgorithmen mit Bindungen in die beliebte Python-Skriptsprache. In der neuen EMAN-Entwicklung werden alle Benutzerebene-Programme (davon über 200 in EMAN 1.8) in Python entwickelt, sodass der kenntnisreiche Endbenutzer Änderungen vornehmen kann, ohne den C ++ -S-Quellcode zu downloaden oder kompilieren zu müssen. Was neu ist In dieser Version: · In REFINE2D.py wurden erhebliche Verbesserungen erstellt. · Verwenden von REFINE2D.Py auf allen neuen Datensätzen wird stark vorgeschlagen. · Einige Programme verwenden den Eman2-Argumentenstil, dh "Programm --option = Wert" , eher als der alte Stil, "Programm Option = Wert". · Es gibt ein neues HDF5-Format, das mit EMAN2 kompatibel ist. · Neue Airs-Programme wurden hinzugefügt, z. · Neue Optionen wurden hinzugefügt Besser auf großen Icosaedral-Objekten. · Die Parallelitätsinfrastruktur wurde verbessert, obwohl netzwerkbezogene Probleme noch vorhanden sind. · Zufällige Modellgeneration in makinitialmodel.py wurde behoben.

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