EGO EGO ist ein paralleles Molekulardynamik-Programm.
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Ego parallel molekular Dynamics-Programm.

EGO Beschreibung

Ego ist ein paralleles Molekulardynamik-Programm. Ego ist ein Programm, um molekulare Dynamik-Trajektorien zu berechnen. Es ist in der Programmiersprache C geschrieben -T3d, Cray-T3E, IBM-SP2 und andere parallele Computer. Zusätzlich Ego kann zusammengestellt werden, um sequentiell auszuführen, und kann daher auf einem beliebigen UNIX-Workstation oder Windows NT / 95-System ausgeführt werden. Wir haben Ego verwendet, um Flugbahnen für molekulare Systeme zu berechnen, die mehr als 35.000 Atome mit erweiterten Atomen (dh nicht polare Hydrogene enthalten werden implizit in Bezug auf spezielle Atomarten) oder mit expliziten Wasserstoffatomen implizit behandelt. Ego verwendet ein modifiziertes Verletzungsintegrationsschema. Eingabedateien in EGO bestehen aus der PDB-Dateien von Brookhaven-Protein-Data-Bank für die Atomkoordinaten und die X-plor-kompatiblen PSF- und Parameterdateien für Topologieinformationen und zwangskonstitierende Konstanten Bewegungen in kleinen Molekülen, Proteinen und Nukleinsäuren, um die molekulare Struktur und der Funktion des Ego X-Plor besser zu verstehen, ist ein umfangreicheres Paket für Macromolekül-Strukturbestimmung und -inminierung, das von Professor Axel Brnger jetzt in den Abteilungen der Biophysik und der Biochemie geschrieben wurde an der Yale University. X-Plor verfügt über Molekülstrukturmanipulationsfunktionen und andere nützliche Funktionen, die die Rechenleistung von Ego für molekulare Dynamik (MD) ergänzen Sie unterscheiden sich. Ein detaillierterer Vergleich zwischen ihnen ist in Anhang B.in molekularer Dynamikberechnungen enthalten Die Bewegungsgleichungen von Atomen in Molekülen werden durch numerische Integration gelöst. Elektrostatische und vaner-der Waals-Wechselwirkungen repräsentieren nicht gebundene Kräfte zwischen Atomen, und gebundene Wechselwirkungen zwischen (gebundenen) Atomen werden durch Strecken, Torsion und Stearische Hindernisse dargestellt. Der Rechenaufwand der Kurzbereichskräfte erhöht linear mit der Anzahl n von Atomen und ist für ausreichend große Systeme (n> 100) vernachlässigbar im Vergleich zu den durch Coulomb-Wechselwirkungen verursachten Rechenaufwand, der mit N2 steigt, um diese riesige Rechenaufwand zu reduzieren Verfahren zur schnellen, aber ausreichend genauen Bewertung von Coulomb-Wechselwirkungen. Die FMM basiert auf einer Multipol-Expansion des Coulomb-Potenzials bis zu einer bestimmten Reihenfolge für eine hierarchische Unterteilung des Raums. Jedat als die Verwendung einer kubischen Unterteilung des Weltraums - wie die meisten Implementierungen der FMM-Tatsache - wählen wir eine angepasste Strukturabzerrungsmethode aus . Diese Methode nutzt das Wissen über strukturelle und dynamische Merkmale der Biomoleküle aus und hilft dabei, den Rechenaufwand zu senken. Das multiple Zeitsteuer-Verfahren basiert auf der Tatsache, dass der Einfluss von weit entfernten Atomen langsam mit der Zeit variiert und daher der Beitrag davon ist Wechselwirkungen können seltener ausgewertet werden. Die Kombination dieser Algorithmen, die in Ego implementiert ist, zertifiziert wir schnell mehrfache Zeitstruktur-Struktur, angepasste Multipol-Methode (FAMUSAMM).

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