CSB Computational-Strukturbiologie-Toolbox
Jetzt downloaden

CSB Ranking & Zusammenfassung

CSB Stichworte

Python-Bibliothek Python Rahmen Biologie

CSB Beschreibung

CSB ist ein Python-Bibliothek und ein Anwendungsrahmen, mit dem Probleme auf dem Gebiet der rechnerischen Strukturbiologie gelöst werden können. Wenn Sie ein Bioinformatiker, Software-Ingenieur oder ein Forscher, der in diesem Bereich arbeitet, ist, können Sie hier etwas Nützliches finden. Unser Paket besteht aus einigen großen Komponenten: 1. Kernklassenbibliothek - objektorientiert, körnig, mit Schwerpunkt auf Design und sauberen Schnittstellen.2. Anwendungsrahmen - Konsolenanwendungen ("Protokolle"), die Objekte aus der Kernbibliothek verbrauchen, um etwas ausführbares (und hoffentlich nützliches) aufzubauen .3 .3. Testrahmen - Vergewissern Sie sich, dass die Bibliothek tatsächlich arbeitet.Compatibilityin kurz: Benötigt Python 2.6 oder höher.CSB wird unter Python 2.7 auf Linux entwickelt. Die Kompatibilität ist jedoch ein Designziel und das Paket funktioniert auf jeder Plattform, auf jeder modernen Python-Interpreter seit Version 2.6 (ja, das Python 3-Unterstützung aus der Box enthält). Wenn Sie Probleme auf einer Plattform / Dolmetscher gefunden haben, unterscheiden Sie sich bitte mit. Wir werden uns freundlich entschuldigen, das Problem beheben und einen Regressionstest-Fall schreiben, um sicherzustellen, dass das Problem einmal und für immer gelöst wird. Installationis ist Ihr Interpreter kompatibel? Wenn ja, fahren Sie mit der Installation einiger Trivialpakete fort, auf der CSB abhängt: 1. NUMPY - obligatorisch (NUMPY.Scipy.org) 2. Scipy - obligatorisch (scipy.org) 3. MATPLOTLIB und WXPYTHON - Optional, nur erforderlich, wenn Sie CSB.IO.PLOTs4 verwenden möchten. UnitTest2 - Nur erforderlich, wenn Sie Python 2.65 verwenden. Argparse - Es ist möglicherweise erforderlich, wenn Sie Python 2.6 verwenden Verwenden Sie auf debian-ähnlichen Linux-Distributionen Ihren Paket-Manager: APT-GET INSTALL * Paket * Wenn Paket einer von: Python-Numpy, Python-Scipy, Python-Matpllotlib.Finally, Installieren Sie CSB selbst: Python Setup.py InstallCSB ist gerade vorhanden An den folgenden Speicherort installiert: Python -c "Import CSB, OS; drucken (os.path.abspath (os.path.join (CSB .__ Pfad __ , '..')))" Nennen wir diesen Weg $ lib .TestingRunning Die CSB-Test-Suite kann nützlich sein, wenn Sie Änderungen an dem Quellcode vorgenommen haben, oder wenn Sie einfach überprüfen möchten, ob Ihre Installation funktioniert. Alle CSB-Tests werden mit dem CSB.Test.console ausgeführt. Ein typischer Weg, um die Konsole auszuführen CSB / test / app.py -h, um weitere Informationen zu unserem Testrahmen, einschließlich Richtlinien für den Schreibgerätetest, finden Sie in der API-Dokumentation, das Paket "CSB.Test" .produzieren Sie die Homepage

CSB Zugehörige Software