Bioinformatik-Benchmark-System. Bioinformatik-Benchmark-System ist ein Bioinformatik-Benchmark-System für die Plattformeistungsmessung.
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Bioinformatik-Benchmark-System. Ranking & Zusammenfassung

Bioinformatik-Benchmark-System. Stichworte

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Bioinformatik-Benchmark-System. Beschreibung

Bioinformatik-Benchmark-System ist ein Bioinformatik-Benchmark-System für die Plattformeistungsmessung. Das Bioinformatik-Benchmark-System ist ein Versuch, ein angemessenes Testrahmen, Tests und Daten aufzubauen, um Endbenutzer und Anbieter zu ermöglichen, die Leistung ihrer Systeme zu untersuchen. Was wir versuchen, einen Rahmen für das Testen und einen Kern zu schaffen Set von Tests, die alle herunterladen und verwenden können, um spezifische Elemente von Systems Performance.Moreover zu untersuchen, die Quelle für diese Tests sind unter GPL verfügbar und werden auf bioinformatics.org und skalierbarer Informatik LLC gehostet, um Endbenutzer, Verbraucher, zu aktivieren Systeme-Entwickler und andere, um sinnvolle Tests für Mess- und Tuning-Gründe leicht zu bauen und zu verwenden Wir suchen nach zusätzlichen Benchmark-Code-Vorschlägen, Tests, Datensätzen usw.Current Baseline-Tests sind mehrere NCBI-Blastläufe, mehrere HMM-Läufe und eine Vielzahl von anderen. Wir planen, Clustalw, X! Tandem, verschiedene Chemie, Dynamik und verwandte Tests sowie mehrerer Andere zu inkl. Leider sind noch eine Reihe neuerer und fokussierter Tests erforderlich Vergleich zu Codes mit schweren Fließkommaoperationen und verschachteltem Speicherverkehr. Diese Codes wurden nicht für ein umfassendes System-Benchmarking entwickelt, in dem die Festplatte E / A, die Speicherlatenz und andere Faktoren alle zu den Leistungsfragen beitragen. Die besten Tests sind diejenigen, die den Codes am ähnlichsten sind, die Sie auf der Maschine laufen. Die Tests selbst sollten angemessenen Annäherungen zu einer echten Ausführung Ihres Codes mit realen Daten sein. Möglicherweise müssen Sie es wieder parieren, um realistische Laufzeiten zu erhalten. Sie sollten eine angemessene Untermenge von Datengrößen haben. Ein einzelner Test sagt Ihnen nicht, wie Ihr System skaliert, und einer der Gründe für die Existenz dieses Tests ist insbesondere, um zu ermöglichen, die Leistung zu testen, während Sie verschiedene Aspekte der Arbeitsbelastung erhöhen. Sie erhalten selten ein ruhiges System in einem Cluster , also würden wir empfehlen, dass Sie versuchen, so realistisch ein Betriebsumfeld wie möglich zu laufen. Eine Basislinie in einem Ruhesystem ist in Ordnung, aber es kann Ihre Erwartungen unangemessen einstellen.

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