Bio :: tools :: run :: primer3 Eingabe erstellen und mit der Ausgabe vom Programm Primer3 arbeiten
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Bio :: tools :: run :: primer3 Ranking & Zusammenfassung

Bio :: tools :: run :: primer3 Stichworte

Perl-Modul Perl Ausgang Programm Primer3. Primer3-Ausgang. Primer3.

Bio :: tools :: run :: primer3 Beschreibung

Erstellen Sie Eingabe für und arbeiten Sie mit der Ausgabe des Programms Primer3 Bio :: tools :: run :: primer3 ist ein Perl-Modul, um Eingabe für die Ausgabe zu erstellen und mit der Ausgabe von dem Programm Primer3.synopsisbio :: tools :: primer3 Erstellt die Eingabedateien, die zum Entwerfen von Primern mit Primer3 erforderlich sind, und bietet Mechanismen zum Zugriff auf Mechanismen Daten in den Primer3-Ausgabedateien.Das Modul bietet eine BIOperl-Schnittstelle zum Programm-Primer3. Weitere Informationen finden Sie unter http://frodo.wi.mit.edu/primer3/primer3_code.html, um die Software herunterzuladen. Dieses Modul sollte für Primer3 Release 1 arbeiten, ist jedoch nicht garantiert mit früheren Versionen. # Design einige Primer. # Die Ausgabe wird in temp.out eingesetzt. Verwenden Sie BIO :: Tools :: Run :: Primer3; Verwenden Sie Bio :: SEQIO; mein $ seqio = bio :: seqio-> neu (-file => 'data / dna1.fa'); mein $ seq = $ seqio-> next_seq; Meine $ primer3 = bio :: tools :: run :: primer3-> neu (-Seq => $ seq, -outfile => "temp.out", -outfile => "temp.out", -Path => "/ usr / bin / rimer3_core"); # oder nach der Tatsache können Sie den Programm_NAME $ primer3-> program_name ('my_supprefast_primer3') ändern; es sei denn ($ primer3-> ausführbar) {drucken stderr "primer3 kann nicht gefunden werden. Ist es installiert? "; EXIT (-1)} # Was sind die Argumente, und was meinen sie? Meine $ args = $ primer3-> Argumente; drucken" Argument Bedeutung "; FOREACH MEIN $ KEY (Keys% {$ args}) {drucken" $ Key ", $$ Args {$ KEY}," "} # Legen Sie das Maximum und Mindesttm der Primer $ primer3-> add_targets ('primer_min_tm' => 56, 'primer_max_tm' => 90); # Design der Primer. Diese läuft Primer3 und gibt A # BIO :: Tools zurück: : Run :: Primer3 Objekt mit den Ergebnissen $ ergebnisse = $ primer3-> run; # Siehe Bio :: Tools :: Run :: Primer3 Pod für # Dinge, die Sie davon bekommen können. Zum Beispiel: drucken "es gab" , $ Ergebnisse-> number_of_results, "Primer "; Bio :: tools :: run :: primer3 Erstellt die Eingabedateien, die zum Entwerfen von Primern mit Primer3 erforderlich sind, und bietet Mechanismen, um auf Daten in den Primer3-Ausgabedateien zuzugreifen. Dieses Modul bietet eine BioperL-Schnittstelle zum Programm-Primer3. Siehe Http: // Für weitere Informationen und zum Herunterladen der Software.Developer-Commentsthis-Modul basiert auf einem von CHAD MATSALLA geschrieben. Ich habe einige seiner Code gerissen und hat viel hinzugefügt meine eigene. Anforderungen: · Perl.

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