Bio :: tools :: rasseqformat ein Modul zum Bestimmen des Sequenzformats des Inhalts einer Datei, einer Zeichenfolge oder durch einen Dateihandle
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Bio :: tools :: rasseqformat Beschreibung

Ein Modul zum Bestimmen des Sequenzformats des Inhalts einer Datei, einer Zeichenfolge oder durch einen Dateihandle Bio :: tools :: rasseqFormat ist ein Perl-Modul zum Bestimmen des Sequenzformats des Inhalts einer Datei, einer Zeichenfolge oder über eine DateiHandle.synopsis-Nummer, um das Format einer Flat-Datei zu erraten, wobei ein Dateiname angezeigt wird: Mein $ ratech = Bio :: tools :: rasseqformat-> neu (-file => $ Dateiname); mein $ -Format = $ rather-> raten; # Um das Format von einem bereits geöffneten Dateihandle zu erraten: My $ rather = bio :: tools :: rasseqformat-> neu (-fh => $ fileHandle); mein $ -Format = $ rather-> raten; # Wenn der FileHandle sucht (stdin ist nicht), wird es # in seine ursprüngliche Position zurückgegeben. #, Um das Format eines oder mehrerer Textzeilen zu erraten (mit # eingebetteten Newlines): My $ rather = bio :: tools :: ratsseqformat-> neu (-text => $ lineofext); mein $ -Format = $ rather-> raten; # So erstellen Sie ein BIO :: Tools :: GUIDSSEQFormat-Objekt und Setzen Sie den # Dateinamen, FileHandle oder der Zeile analysieren danach: My $ ratech = bio :: tools :: ratsseqformat-> new (); $ ratech-> file ($ fileName); $ rather-> fh ($ filehandle); $ ratech-> text ($ lineoftext); # Zu erraten, wenn z.B. ein Dateiname: mein $ -Format = bio :: tools :: rasseqformat-> neu (-file => $ fileName) -> raten; bio :: tools :: ratsseqformat versucht das format ("swiss", "pir", "FASTA" etc.) der Sequenz oder MSA in einer Datei, in einem Skalar oder durch einen FileHandle.Die erratsam () Methode eines BIO :: Tools :: ratsamSeqFormat-Objekt wird die Daten, Zeile nach Zeile, bis er Findet eine Zeile, zu der nur ein Format zugewiesen werden kann. Wenn keine schlüssige Vermutung erstellt werden kann, ist das undef zurückgegeben. Wenn das BIO :: Tools :: rassingqFormat-Objekt ist ein FileHandle erhältlich, der suchbar ist, er wird in der ursprünglichen Position bei der Return () -Methode wiederhergestellt. Anforderungen: · Perl.

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