Bio :: tools :: ispcr BIO :: Tools :: ISPCR ist ein Perl-Modul, mit dem der ISPCR-Ausgang analysiert wird, und Merkmale erstellen.
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Perl-Modul Perl Klasse Bio. isPcr Parser ISPCR-Werkzeuge

Bio :: tools :: ispcr Beschreibung

BIO :: Tools :: ISPCR ist ein Perl-Modul, das ISPCR-Ausgang analysieren kann und Funktionen erstellt. BIO :: Tools :: ISPCR ist ein Perl-Modul, das den ISPCR-Ausgang analysieren kann und Funktionen erstellen kann In der Datei namens seq1.fa # HINWEIS: Dieser Parser ist für den Standard-FASTA-Ausgang von # ISPCR gedacht. Bett- und PSL-Ausgangsformate werden nicht unterstützt. Verwenden Sie BIO :: Werkzeuge :: ISPCR; Verwenden Sie Bio :: SEQIO; Mein $ PARSER = NEUE BIO :: Werkzeuge :: ISPCR (-File => 'seq1.ispcr'); Meine $ SEQIO = NEW BIO :: SEQIO (-Format => 'FASTA', -FILE => 'SEQ1.FA'); Mein $ seq = $ seqio-> next_seq || Die ("kann kein SEQ-Objekt von SEQIO erhalten"); Während (My $ feat = $ Parser-> next_feature) {# Fügen Sie die ISPCR-Anmerkung an eine Sequenz $ SEQ-> Add_SeqFeature ($ feat); } MEINE $ SEQOUT = NEUES BIO :: SEQIO (-Format => 'emBl'); $ SEQOUT-> WRITE_SEQ ($ SEQ); Dieses Objekt dient als Parser für ISPCR-Daten (im Standard-Fasta-Format), wodurch ein BIO :: SEQFeaturei für jeden ISPCR-Treffer erstellt wird. Diese können als Anmerkung zu einem vorhandenen BIO :: SEQI-Objekt für die Zwecke der automatisierten Anmerkung verarbeitet oder hinzugefügt werden. Dieses Modul ist aus den BIO :: Tools :: EPCR-Modul von Jason Stajich (Jason-at-bioperl.org) angepasst. . Anforderungen: · Perl.

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