Bio :: tools :: codontable BIO :: Tools :: codontable ist ein BioperL-Codon-Tabellenobjekt.
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Tabelle Perl-Objekt. Bioperl-Modul Codon-Tabelle Bioperl Codon

Bio :: tools :: codontable Beschreibung

BIO :: Tools :: codontable ist ein BioperL-Codon-Tabellenobjekt. BIO :: Tools :: codontable ist ein Bioperl-Codon-Tabellenobjekt.Synopsis # Dies ist eine schreibgeschützte Klasse für alle bekannten Codon-Tabellen. Die IDs sind # die, die von Nukleotid-Sequenzdatenbanken verwendet werden. Alle gängigen IUPAC-Zweideutigkeitscodes für DNA, RNA- und Animosäuren werden erkannt. # zur Verwendung von Bio :: Tools :: codontable; # Standardeinstellungen für ID 1 "Standard" $ mycodontable = bio :: tools :: codontable-> new (); $ mycodontable2 = BIO :: Werkzeuge :: Codontable -> NEU (-ID => 3); # Codon-Tabelle ändern $ myCodontable-> ID (5); # Untersuchen Sie Codon Table Print Join ('', "Der Name der Codon-Tabelle Nr.", $ myCodontable-> ID (4), "ist:", $ myCodontable-> Name (), "n"); # Übersetzen Sie einen Codon $ AA = $ mycodontable-> übersetzen ('acu'); $ aa = $ mycodontable-> übersetzen ('Act'); $ aa = $ mycodontable-> übersetzen ('ytr'); # Reverse Übersetzen Sie eine Aminosäure @codons = $ mycodontable-> revtranslate ('a'); @codons = $ mycodontable-> revtranslate ('ser'); @codons = $ mycodontable-> revtranslate ('glx'); @codons = $ mycodontable-> revtranslate ('cys', 'rna'); #Boolean Tests Print "ist ein Startn, wenn $ myCodontable-> is_start_codon ('ATG'); drucken "ist ein Terhianatorn", wenn $ mycodontable-> is_ter_codon ('teer'); drucken "ist ein Unknoten, wenn $ mycodontable-> is_unknown_codon ('jtg'); Codon-Tabellen werden auch als Translationstabellen oder Genetikcodes genannt, da sie versuchen, dies zu verehren. Ein bisschen mehr vollständigeres Bild der vollen Komplexität der Codon-Nutzung in verschiedenen taxonomischen Gruppen, die auf den NCBI-genetischen Codes Home Page.Codontable präsentiert sind, ist eine Bioperl-Klasse, die alle aktuellen Übersetzungs-Tabellen kennt, die von primären Nukleotid-Sequenz-Datenbanken verwendet werden (Genbank, EMBL und DDBJ ). Es bietet Methoden zur Ausgabe von Informationen über Tabellen und Beziehungen zwischen Codons und Aminosäuren. Diese Klasse und ihre Methoden erkannten alle gängigen IUPAC-Mehrzehnungscodes für DNA, RNA- und Animosäuren. Die Übersetzungsmethode folgt den Konventionen in EMBL- und Trembl-Datenbanken. Es ist ein Ärgernis, um RNA- und CDNA-Darstellungen von Nukleinsäuretranskriffen zu trennen. Das codontable Objekt akzeptiert Codons von beiden Typen als Eingabe und ermöglicht es dem Benutzer, den Modus für die Ausgabe bei der Umrichterübersetzung einzustellen. Seine Standardeinstellung für die Ausgabe ist DNA.note: Diese Klasse behandelt hauptsächlich mit einzelnen Codons und Aminosäuren. Im Interesse der Geschwindigkeit können Sie jedoch auch längere Sequenz übersetzen. Die volle Komplexität der Protein-Übersetzung wird von BIO :: PrimarySeqi :: übersetzen. Anforderungen: · Perl.

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