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BIO :: Sage :: DATAPROCESSING-Modul Prozesse Roher serielle Analyse der Genexpression (Sage) -Daten. BIO :: Sage :: DATAPROCESSING-Modul Prozesse Rohe serielle Analyse der Genexpression (Sage) Data.Synopsis Verwenden Sie BIO :: Sage :: dataprocessing; $ sage = bio :: sage :: dataprocessing-> neu (); # Öffnen Sie Sequenz und Qualitätsdateien öffnen (liest, "bibliothek.fasta"); offen (qual, "bibliothek.qual.fasta"); # Sammeln Sie ditags und -statistiken aus, indem Sie $ Sage-> cocent_library (* liest, * qual); # Dateien schließen schließen (liest); close (qual); # Ausgabe-Tags in absteigender Reihenfolge des Ausdrucks My% Tags =% {$ sage-> get_tagcounts ()}; offen (Tags, "> Bibliothek.tags"); MAP {Drucken Tags Join ("T", $ _, $ Tags {$ _ _ _, $ Tags {$ _ _ _). "n"} Sortieren {$ Tags {$ b} $ Tags {$ a}} Keys% Tags; schließen (Tags); # Tag Aaaccgggtt übereinstimmt mit zwei verschiedenen Genen # SO 15. Base-Pair kann helfen, diese $ Sage-> print_extra_base_calculation ($ sage-> get_extract_base_calculation ("aaaccgggtt") zu lösen. Dieses Modul bietet mehrere Werkzeuge zur Verarbeitung und Analyse der seriellen Analyse der Genexpression (Sage ) Bibliotheken Kurz gesagt extrahiert die Technik kurze Sequenzen an definierten Positionen von transkribierten mRNA. Diese kurzen Sequenzen werden dann zu DITAGs gekoppelt. Die DITAGs sind verkörpert, um lange Sequenzen zu bilden, die dann kloniert werden. Die klonierte DNA wird dann sequenziert. Bioinformatische Techniken werden dann eingesetzt, um die ursprünglichen kurzen Tag-Sequenzen zu bestimmen und ihre Vorläufer-mRNA abzuleiten. Die Anzahl der Zeiten, in denen ein bestimmtes Tag beobachtet wird, kann verwendet werden, um den Betrag eines bestimmten Transkripts zu quantifizieren. Die ursprüngliche Technik wurde von Velculescu et al. (1995) und verwendet ein ~ 14bp-Sequenz-Tag. Ein modifiziertes Protokoll wurde von Saha et al. (2002), das ~ 21bp Tags.Purposethis-Modul erstellt, erleichtert die Verarbeitung von Sage-Daten. Insbesondere: 1. Extrahieren von DITAGs aus RAW-Sequenz liest. 2. Extrahieren von Tags aus DITAGS, mit der Option, Tags auszuschließen, wenn die PRED (beschrieben von EWING und Green, 1998a und Ewing et al., 1998b) keinen minimalen Cutoff-Wert erfüllen. 3. Berechnung der beschreibenden Werte 4. Statistische Analyse Um zu bestimmen, wenn möglich, dass zusätzliche Nukleotide die Länge des Sage-Tags verlängern (somit erleichtert ein genaueres Tag für Gen-Mapping). Die reguläre Sage (14er Tag) und Langsamt (21er Tag) sind Unterstützt von diesem Modul. Zukünftige Protokolle sollten mit diesem Modul konfigurierbar sein Das Modul ermöglicht jetzt FASTA-Dateien mit einer leeren Zeile, die den Header follt (bezeichnet einen versuchten Lesen ohne Sequenz), druckt jedoch eine Warnung an stderr, dass dies passiert ist. Modul ist zuvor gestorben.

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