Bio :: primärseqi. BIO :: CRUYSEQI ist eine Perl-Schnittstellendefinition für einen BIO :: CRUYSEQ.
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Bio :: primärseqi. Ranking & Zusammenfassung

Bio :: primärseqi. Stichworte

Perl-Modul Schnittstelle Perl Perl-Schnittstelle.

Bio :: primärseqi. Beschreibung

BIO :: PrimarySeqi ist eine Perl-Schnittstellendefinition für einen BIO :: CRUYSEQ. BIO :: PrimarySeqi ist eine Perl-Schnittstellendefinition für einen BIO :: primaryseq.synopsis # bio :: primaryseqi ist die Schnittstellenklasse für Sequenzen. # Wenn Sie ein Neuankömmling in Bioperl sind, sollten Sie mit BIO :: SEQ-Dokumentation # beginnen. Diese # Dokumentation ist hauptsächlich für Entwickler mit # BIOPERL. # zu testen, ist ein SEQ-Objekt $ obj-> isa ("bio :: primaryseqi") || $ obj-> werfen ("$ obj implementiert die BIO :: primateSeqi-Schnittstelle nicht"); # Accessors $ string = $ obj-> seq (); $ Substring = $ obj-> subseq (12,50); $ Display = $ obj-> display_id (); # für Humananzeige $ ID = $ obj-> primär_id (); # eindeutige ID für dieses Objekt, # Implementierung definiert $ unique_key = $ obj-> accession_number (); # einzigartige biologische ID # Objektmanipulation Eval {$ rev = $ obj-> revcom (); }; if ($ @) {$ obj-> throw (-class => 'bio :: root :: ausnahms', -text => "konnte das Komplement nicht umkehren.". "Wahrscheinlich nicht DNA. Tatsächlich exceptionn $ @ n", -Value => $ @); } $ trunc = $ obj-> trunc (12,50); . Welche Methoden müssen von anderen Perl-Objekten implmentiert werden, um der BIO :: CrimorSeqi-Schnittstelle einzuhalten. GO "PERLDOC BIO :: SEQ" oder "MAN BIO :: SEQ" Weitere Informationen zur Hauptklasse für Sequenzen.PrimarySeq ist ein Objekt, das nur für die Reihenfolge und ihren Namen (n), nichts mehr ist. SEQ ist das größere Objekt mit Funktionen. Es gibt eine reine Perl-Implementierung davon in BIO :: CRUYSEQ. Wenn Sie nur BIO :: CrimorSeq-Objekte verwenden möchten, lesen Sie bitte das Modul zuerst. Dieses Modul definiert die Schnittstelle und ist für Personen von mehr Interesse, die ihre eigenen Perl-Objekte / RDBs / Filesysteme usw. in gewisser Weise einwickeln möchten, dass sie "BioperL-Sequenzobjekte" sind, obwohl es nicht verwendet, um die Sequenz usw. zu speichern. Diese Schnittstelle definiert, was BIOperl zur Verfügung stellt, um eine Sequenz zu "sei", ohne eine Implementierung dafür bereitzustellen. (Eine Implementierung ist in BIO :: PrimarySeq bereitgestellt). Wenn Sie ein BIO :: CrimorSeq 'konformes' Objekt bereitstellen möchten, das in der Tat ein weiteres Objekt / Datenbanken / Out-of-Perl-Erlebnis wickelt, ist dies das Richtige, um sich zu wickeln, im Allgemeinen durch Bereitstellung einer Wrapper-Klasse, die sich von Ihrem anbieten würde Objekt und diese BIO :: CRUYSEQI-Schnittstelle. Die Wrapper-Klasse hätte dann Methodenlisten in den "Implementierungsspezifischen Funktionen", die diese Methoden für Ihr Objekt bereitstellen würden. Anforderungen: · Perl.

Bio :: primärseqi. Zugehörige Software