Bio :: phylo :: io BIO :: Phylo :: IO Perl-Modul enthält Eingabe und Ausgabe von phylogenetischen Daten.
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Bio :: phylo :: io Beschreibung

BIO :: Phylo :: IO Perl-Modul enthält Eingabe und Ausgabe von phylogenetischen Daten. BIO :: Phylo :: IO Perl-Modul enthält Eingabe und Ausgabe von phylogenetischen Daten.Synopsis Verwenden Sie Bio :: Phylo :: io; # Parsing einen Baum von einer Newick-String mein $ tree_string = '(((a, b), c), d);'; Mein $ Tree = bio :: phylo :: io-> parse ('-nring' => $ Tree_string, # alter Parser, fügt immer Knoten Etiketten hinzu '-Format' => 'newick',) -> zuerst; # HINWEIS: Newick Parsers Return # 'bio :: phylo :: Wald'! Rufen Sie # -> zuerst an, um den ersten # Baum des Waldes abzurufen. # druckt 'bio :: phylo :: Wald :: Baum' drucken ref $ baum, "n"; # Parsing einer Tabelle Meine $ table_string = QQ (A, 1,2 | B, 1,2 | C, 2,2 | D, 2,1); Meine $ matrix = bio :: phylo :: io-> parse ('-string' => $ table_string, '-format' => 'table', # Datentyp, siehe BIO :: phylo :: Parsers :: table ' -Type '=>' Standard ', # Feldabscheider' -Fieldsep '=>', ', # Line Separator' -Linesep '=>' | '); # druckt 'bio :: phylo :: matrizen :: matrix' drucken ref $ matrix, "n"; # Parsing Eine Liste der Taxa Meine $ Taxa_String = A: B: C: D '; Meine $ Taxa = BIO :: Phylo :: io-> parse ('-nring' => $ Taxa_String, '-Format' => 'Taxlist', '-Fieldsep' => ':'); # druckt 'bio :: phylo :: taxa' print ref $ Taxa, "n"; # übereinstimmt Taxon-Namen in Baum bis $ Taxa-Objekt $ Tree-> cross_reference ($ taxa); # Ebenso für Matrix $ Matrix-> cross_reference ($ taxa); drucken bio :: phylo :: io-> unparse (# passieren Sie das Baumobjekt, # crossreferenziert auf Taxa, welche # zur Matrix '-phylo' => $ Tree, '-Format' => 'pagel'); # Druckt eine Pagel-Datendatei: # 42 # A, N1,0.000000,1,2 # B, N1,0.000000,1,2 # N1, N2,0.000000 # C, N2,0.000000,2,2 # N2, N3 , 0,000000 # D, N3,0.000000,2,1 Anforderungen: · Perl.

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