Bio :: db :: sam Lesen Sie SAM / BAM-Datenbankdateien
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Datenbank Perl-Modul SAM-Datenbankreser BAM-Datenbankreser SAM Bam.

Bio :: db :: sam Beschreibung

Lesen Sie SAM / BAM-Datenbankdateien BIO :: db :: sam ist ein Modul, das eine Perl-Schnittstelle zur Libbam-Bibliothek für indizierte und nicht komplexe SAM / BAM-Sequenz-Ausrichtungsdatenbanken bietet. Es bietet Unterstützung für das Abrufen von Informationen zu individuellen Ausrichtungen, Lesepaaren und Ausrichtungsabdeckungsinformationen in großen Regionen. Es bietet auch Callback-Funktionen zur Aufforderung von SNPs und Durchführen anderer Basis-Base-Base-Funktionen. Die meisten Operationen sind mit der BIOPERL BIO :: SEQFEATUREI-Schnittstelle kompatibel, sodass Bam-Dateien als Backend in der GROWSE-Genom-Browser-Anwendung verwendet werden können. Synopsis verwenden BIO :: db :: sam; # High Level API MY $ SAM = BIO :: db :: sam-> neu (-bam => "data / ex1.bam", -Fasta => "data / ex1.fa",); meine @targets = $ sam-> seq_ids; Meine @Aligments = $ sam-> get_features_by_location (-Seq_id => 'seq2', -start => 500, -end => 800); für meine $ A (@alignments) {mein $ seqid = $ a-> seq_id; mein $ start = $ a-> start; mein $ ende = $ a-> ende; mein $ strang = $ a-> strang; meine $ cigar = $ a-> cigar_str; meine $ gepaart = $ a-> get_tag_values ("gepaart"); meine $ ref_dna = $ a-> dna; # Referenzsequenz My $ Query_DNA = $ A-> Abfrage-> DNA; # Abfragesequenz Meine @scores = $ A-> Qscore; # Per-Base-Qualität erzielt meine $ match_qual = $ a-> qual; # Qualität des Spiels} my @pairs = $ sam-> get_features_by_location (-type => 'read_pair', -Seq_id => 'seq2', -start => 500, -end => 800); für mein $-$-Paar (@Pairs) {meine $ langen = $ pair-> länge; # Länge einfügen Meine ($ First_Mate, $ second_mate) = $ Pair-> get_seqfeatures; mein $ f_start = $ First-Monate-> Start; Mein $ s_start = $ second_mate-> Start; } # Low Level API MY $ BAM = BIO :: db :: bam-> offen ('/ path / bamfile'); mein $ header = $ bam-> header; mein $ target_count = $ header-> n_targets; mein $ target_names = $ header-> target_name; während (mein $ align = $ bam-> read1) {mein $ seqid = $ target_names -> ; Mein $ Start = $ ALIGN-> POS + 1; mein $ ende = $ rigant-> calend; meine $ cigar = $ rigant-> cigar_str; } My $ Index = BIO :: db :: bam-> index_open ('/ path / to / bamfile'); mein $ callback = sub {meine $ ALIGNMENT = Schicht; mein $ start = $ alignment-> start; mein $ END = $ EIGIGNT-> ende; Meine $ SEQID = $ TARGET_NAMES -> ; Drucken $ Alignment-> qname, "Richten Sie auf $ SEQID: $ Start .. $ ende ";} My $ Header = $ Index-> Header; $ Index-> Abruf ($ BAM, $ Header-> Parse_region ('SEQ2'), $ Callback); Anforderungen: · Perl.

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