Bio :: baum :: entfernungfactory BIO :: Tree :: DistanceFactory ist ein Perl-Modul, um einen Baum mit distanzbasierten Methoden zu erstellen.
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Bio :: baum :: entfernungfactory Beschreibung

BIO :: Tree :: DistanceFactory ist ein Perl-Modul, um einen Baum mit distanzbasierten Methoden zu erstellen. BIO :: Tree :: Entfernungfactory ist ein Perl-Modul, um einen Baum mit distanzbasierten Methoden zu erstellen.Synopsis Verwenden Sie BIO :: Tree :: EntfernungFakt Verwenden Sie Bio :: Alignio; Verwenden Sie BIO :: ALIGN :: Dnastatistics; mein $ tfactory = bio :: tree :: distordefactory-> neu (-method => "nj"); Meine $ statists = bio :: richten :: dnastatistics-> new (); mein $ alnin = bio :: alignio-> neu (-Format => 'clustalw', -file => 'file.aln'); mein $ aln = $ alnin-> next_aln; # Natürlich kann Matrix von einem anderen Ort kommen # wie Phylip Wenn Sie bevorzugen, Bio :: Matrix :: io sollte in der Lage sein, viele Dinge zu analysieren Meine $ jcmatrix = $ statists-> abstand (-align => $ aln, - Methode => 'Jukes-Cantor'); Mein $ Tree = $ tfactory-> make_tree ($ jcmatrix); Dies ist eine Fabrik, die einen phylogenetischen Baum basierend auf den paarweise Sequenzabständen für einen Satz von Sequenzen erstellt. Derzeit sind UPGMA (Sokal und Michener 1958) und NJ (Saitou und Nei 1987) Baumbaustrukturen implementiert. Anforderungen: · Perl.

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