Bio :: affymetrix :: cdf BIO :: AffyMetrix :: CDF ist ein Perl-Modul, um Affymetrix CDF-Dateien zu analysieren.
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BIO :: Affymetrix :: CDF ist ein Perl-Modul, um Affymetrix CDF-Dateien zu analysieren. BIO :: AffyMetrix :: CDF ist ein Perl-Modul, um Affymetrix CDF-Dateien zu analysieren. }); $ CDF-> Parse_From_File ("foo.cdf"); # Finden Sie einige lustige Fakten über diese Chip-Typprint $ CDF-> Zeilen (). "," $ CDF-> COLS (). "n"; drucken $ cdf-> version (). "n"; # Drucken Sie alle Sondenset-Namen auf diesem Chip-Typ FESTEACH MY $ i (Schlüssel% {$ CHP-> Sondenets}) {drucken $ CHP-> Sondensets -> {$ i $ i } -> Name (). "n"; } Das Affymetrix Microarray-System erzeugt Dateien in einer Vielzahl von Formaten. Wenn dies Ihnen nichts bedeutet, sind diese Module wahrscheinlich nicht für Sie :). Dieses Modul zeichnet CDF-Dateien an. Verwenden Sie dieses Modul, wenn Sie sich über das Design eines Affymetrix Genechip erfahren möchten, oder benötigen Sie das Objekt für ein anderes der Module in diesem Paket. Alles der BIO :: AffyMetrix-Module analysieren eine Datei vollständig in den Speicher. Sie benötigen daher genügend Speicher, um diese Objekte zu halten. Bei einigen Anwendungen kann ein Analysieren als Stream angemessener sein - hoffentlich gibt die Quelle für diese Module genügend Hinweise dazu, dies zu einer leichten Aufgabe zu machen. Insbesondere dieses Modul erfordert viel Speicher, wenn auch Sondeninformationen gespeichert sind (ca. 150 MB). Die Speicherverwendung ist nicht zu aufdringlich (ca. 15 MB), wenn die Angaben von Sondenebene ausgelassen werden. Sie können dies tun, indem Sie Probemode => 1 oder Probemode => 0 im Konstruktor einstellen. Sie können diese Module auch verwenden, um CDF-Dateien zu schreiben (mithilfe der WRITE_TO_FILEHANDLE-Methode). Siehe Kompatibilität für einige wichtige Vorbehalte. Anforderungen: · Perl.

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