BIO :: Werkzeuge :: Run :: Tribemcl BIO :: Tools :: Run :: Tribemcl ist eine Methode zum Clustering von Proteinen in verwandte Gruppen, die als "Proteinfamilien" bezeichnet werden.
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BIO :: Tools :: Run :: TribemCl ist eine Methode zum Clustering von Proteinen in verwandte Gruppen, die als "Proteinfamilien" bezeichnet werden. BIO :: Tools :: Run :: TribemCl ist eine Methode zum Clustering von Proteinen in verwandte Gruppen, die als "Proteinfamilien" als "Proteinfamilien" bezeichnet werden. Bio :: Tools :: Run :: Tribemcl; Verwenden Sie BIO :: Suchen; # 3 Methoden zum Eingeben der BLAST-Ergebnisse # Gerade Weiterleiten RAW-BLAST-Ausgang (NCBI oder WU-BLAST) MY @Params = ('InputType' => 'BLASTFILE'); # Oder # markov Programmformat # Protein_Id1 protein_id2 Evalue_MagNitude Evalue_Factor # Beispiel: # Proteine ENP00000257547 und ENSP00000261659 # mit einem Blast-Score-Auswert von 1E-50 # und Proteine O42187 und ENSP00000257547 # mit einem Blast-Score-Auswert von 1E-119 # Mein @array = , ]; Meine @params = ('Paare' => @ Array, i => '2.0'); # Oder # Pass in ein Suchenobjekt # Langsamste der 3 Methoden, da es mehr strengere Analyse # ist als für uns hier, mein $ sio = bio :: suche-> neu (-Format => 'blast', -fild => 'blast.out'); mein @params = ('InputType' => 'Suchen', i => '2.0'); # Sie können den Pfad an die ausführbare Datei in folgender Weise angeben, mein @params = ('InputType' => 'blastfile', i => '2.0', 'mcl' => '/ home / shawn / software / mcl- 02-150 / src / shmcl / mcl ',' Matrix '=>' / home / shawn / software / mcl-02-150 / src / beit / stamm / stammmatrix '); Meine $ fact = bio :: tools :: run :: tribemcl-> neu (@params); # Oder $ fact-> matrix_execabel ('/ home / shawn / software / mcl-02-150 / src / beit / stamm / stammmatrix'); $ fact-> mcl_execabel ('/ home / shawn / software / mcl-02-150 / src / shmcl / mcl'); # Um meine $ Fact auszuführen = Bio :: Tools :: Run :: Tribemcl-> Neu (@params); # Führen Sie das Programm # ausführen # Gibt einen Array-Verweis auf Cluster zurück, in dem Mitglieder die IDs # sind BLASTFILE-Pfad / Suchen Sie auf OBJ / The Array Ref, um meine $ fam = $ fact-> run ($ sio); # Drucken Sie Ihre Cluster aus (mein $ i = 0; $ i $ i }). "Mitgliedern"; Deeach mein $-Mitglied (@ {$ fam -> }) {drucken "t $ membern"; }} Dieses Clustering wird erreicht, indem Ähnlichkeitsmuster zwischen Proteinen in einem bestimmten Datensatz analysieren und diese Muster verwenden, um Proteine in verwandte Gruppen zuzuordnen. In vielen Fällen werden Proteine in derselben Proteinfamilie ähnliche funktionale Eigenschaften haben. Was neu in dieser Version ist: · Perl

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