BIO :: Werkzeuge :: Run :: Piseapplikation :: FASTA bio :: tools :: run :: piseapplication :: FASTA ist eine Bioperl-Klasse für die Sequenzdatenbanksuche.
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Datenbank Perl-Modul Datenbanksuche. Reihenfolge Sequenzsuche.

BIO :: Werkzeuge :: Run :: Piseapplikation :: FASTA Beschreibung

Bio :: tools :: run :: piseapplication :: FASTA ist eine Bioperl-Klasse für die Sequenzdatenbanksuche. BIO :: tools :: run :: piseapplication :: FASTA ist eine Bioperl-Klasse für Sequenzdatenbanksuche.parameter: FASTA (Excl) FASTA-Programmabfrage (Sequenz) Abfragesequenzdateileitung: SEQFile SEQType (excell) ist es ein DNA oder ein Protein Sequenz (-n) protein_db (excl) Proteindatenbank nucleotid_db (excl) nucleotid datenbank break_long (integer) langen Bibliotheksequenzen in Blöcke (-n) ktup (integer) ktup: Empfindlichkeit und Geschwindigkeit der Suche (Protein: 2, DNA: 6) OPTCUT (Ganzzahl) OptMut: Der Schwellenwert zur Optimierung. (-C) GAPINIT (Ganzzahl) Strafe für GAP INITIATION (-112 Standardmäßig für FASTA mit Proteins, -16 für DNA) (-f) GAPEXT (Ganzzahl) Strafe für die Gap-Erweiterung (-2 standardmäßig für FASTA mit Proteinen - 4 für DNA) (-g) High_Expect (Float) maximaler Erwartungs-Wert-Schwelle zum Anzeigen von Scores und Ausrichtungen (-E) LOW_EXPECT (Float) Minimaler Erwartungs-Wert-Schwellenwert für die Anzeige von Scores und Ausrichtungen (-F) nucleotid_match (integer) Belohnung für eine Nukleotide Match (-r) NUCLEOTID_MISMATCH (Ganzzahl) Strafe für eine Nukleotid-Mismatch-Matrix (excellent) Scoring Matrix-Datei (-S) X_PENAlty (Ganzzahl) Strafe für eine Übereinstimmung mit 'x' (unabhängig von der PAM-Matrix) (- x) FrameShift (Ganzzahl) Strafe für FrameShift zwischen Codon (FAST / TFAST ) (- H) FramESHIFT_WITHIN (Ganzzahl) Strafe für FrameShift innerhalb eines Codons (Fasty / TFAFY) (- J) DreiFrame (Switch) Nur die drei Forward-Frames (TFAFA) (-3) invertieren (Switch) umgekehrt ergänzen die Abfragesequenz (alle TFasta) (-I) genetic_code (excell) genetic c verwenden Ode für die Übersetzung (TFACTA / TFAST / Fast ) (TT) Band (Ganzzahl) Bandbreite für Optimierung (-Y) SWALIG (Swaly) Unlimited Smith-Waterman-Ausrichtung für DNA (-A) NooPT (Switch) Keine begrenzte Optimierung (-O) stat (excl) angeben statistische Berechnung. (-z) Zufällige (Switch) Schätzung von STAT-Parametern von Mischte Kopien jedes Bibliotheks-Sequenz (-Z) -Histogramms (Switch) Keine Histogramm (-H) Scores (Integer) Anzahl der Ähnlichkeitswerten (-B) ALNS (Ganzzahl) (Ganzzahl) ) Anzahl der zu zeigenden Ausrichtungen (-D) HTML_OUTPUT (Switch) HTML-Ausgang (-M) markx (excl) Alternative Anzeige von Übereinstimmungen und Nichtüberwachungen in Ausrichtungen init1 (Switch) -Sequenzen, die von der Z-Score basierend auf dem Init1-Score eingestuft werden ( -1) z_score_out (excell) Show Normalize-Score AS (-b) Showall (Switch) Beide Sequenzen sind in ihrer Gesamtheit in Ausrichtungen (nur FASTA) (nur -A) Linlen (Integer) -Ausleitungslänge für Sequenzausrichtungen (max. 200) angezeigt (max. 200) ) (-w) Offsets (String) Startnummerierung der ausgerichteten Sequenzen an der Position X1 x2 (2 Nummern) (-X) Info (Switch) Anzeige mehr Informationen zur Bibliothekssequenz in der Ausrichtung (-L) statfile (Outfile) Die Sequenzkennung, Superfamilie-Nummer und Ähnlichkeits-Scores in diesem Datei (-r) -Filter (Switch) Kleinbuchstaben-Filterung (-S) Outfile (Outfil) e) Pipe: MView_Input HTML_OUTFILE (Outfile) Anforderungen: · Perl.

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