BIO :: Werkzeuge :: IPCress BIO :: Tools :: iPCress ist ein Perl-Modul, das die Ausgabe der IPCress-Ausgabe analysieren und Funktionen erstellen kann.
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Perl-Modul Perl Klasse Bio. Ipcress Parser IPCress-Tools.

BIO :: Werkzeuge :: IPCress Beschreibung

BIO :: Tools :: IPCress ist ein Perl-Modul, das die Ausgabe der IPCress-Ausgabe analysieren und Funktionen erstellen kann. Bio :: tools :: iPCress ist ein Perl-Modul, das die IPCress-Ausgabe analysieren kann und Funktionen erstellen kann In der Datei namens seq1.fa nutzen bio :: tools :: ipcress; Verwenden Sie Bio :: SEQIO; Mein $ PARSER = NEUE BIO :: Werkzeuge :: IPCress (-File => 'SEQ1.IPCress'); Meine $ SEQIO = NEW BIO :: SEQIO (-Format => 'FASTA', -FILE => 'SEQ1.FA'); Mein $ seq = $ seqio-> next_seq || Die ("kann kein SEQ-Objekt von SEQIO erhalten"); Während (My $ feat = $ pareer-> next_feature) {# Fügen Sie die IPCress-Anmerkung zu einer Sequenz $ SEQ-> Add_SeqFeature ($ feat); } MEINE $ SEQOUT = NEUES BIO :: SEQIO (-Format => 'emBl'); $ SEQOUT-> WRITE_SEQ ($ SEQ); Dieses Objekt dient als Parser für IPCress-Daten, wodurch ein BIO :: SEQFEATUREI für jeden IPCress-Treffer erstellt wird. Diese können als Anmerkung zu einem vorhandenen BIO :: SEQI-Objekt für die Zwecke der automatisierten Anmerkung verarbeitet oder hinzugefügt werden. Dieses Modul ist aus den BIO :: Tools :: EPCR-Modul von Jason Stajich (Jason-at-bioperl.org) angepasst. .Press ist über das Exonate-Paket von Guy Slater erhältlich http://www.ebi.ac.uk/~guy/exonererate/ Anforderungen: · Perl.

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