BIO :: Taxon. BIO :: Taxon ist ein Knoten in einer repräsentierten Taxonomie.
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BIO :: Taxon. Ranking & Zusammenfassung

BIO :: Taxon. Stichworte

Perl-Modul Bio. vertreten Taxonomie Bio Taxon. repräsentiert Taxonomie

BIO :: Taxon. Beschreibung

BIO :: Taxon ist ein Knoten in einer repräsentierten Taxonomie. BIO :: Taxon ist ein Knoten in einer vertretenen Taxonomie.Synopsis Verwenden Sie BIO :: Taxon; # Normalerweise erhalten Sie ein Taxon aus einem BIO :: db :: Taxonomy-Objekt #, aber hier ist es, wie Sie ein My $ Taxon initialisieren = Neuer Bio :: TAXON (-Name => $ Name, -ID => $ ID, - Rang => $ Rang, -division => $ div); # Holen Sie sich eine aus einer Datenbank My $ dbh = New Bio :: db :: Taxonomie (-Source => 'flachfile', -directory => '/ tmp', -nodesfile => '/ path/to/nodes.dmp' , -NamesFile => '/ path/to/names.dmp'); mein $ menschlich = $ dbh-> get_taxon (-name => 'Homo Sapiens'); $ menschlich = $ dbh-> get_taxon (-taxonid => '9606'); drucken "ID lautet", $ Human-> ID, "n"; # 9606 Print "Rang lautet", $ Human-> Rang, "n"; # Arten drucken "wissenschaftlicher Name ist", $ human-> scartific_name, "n"; # Homo Sapiens Print "Division ist", $ Human-> Division, "n"; # Primiert meine $ Maus = $ dbh-> get_taxon (-name => 'Musmuskulus'); # Sie können Ihre eigenen Linien schnell mit der List-Datenbank my @ranks = QW (Superkingdom-Klassen-Gattung-Spezies) machen; meine @h_lineage = ('Eukaryota', 'Mammalia', 'Homo', 'Homo Sapiens'); Meine $ list_dbh = Neues BIO :: db :: Taxonomie (-Source => 'List', -Names => @h_lineage, -Ranks => @ranks); $ human = $ list_dbh-> get_taxon (-name => 'Homo Sapiens'); meine @names = $ human-> common_names; # @Names ist leerer $ human-> common_names ('frau'); @Names = $ human-> common_names; # @names enthält Frau # Sie können in eine andere Datenbank wechseln, wenn Sie weitere Informationen benötigen, meine $ entrez_dbh = Neuer Bio :: db :: taxonomy (-Source => 'entrez'); $ human-> db_handle ($ entrez_dbh); @Names = $ human-> common_names; # @names enthält Frau, Mensch, Mann # Seit Bio :: Taxon Implementierungen Bio :: Tree :: Nodesi, wir haben Zugriff auf die # -Methoden (und können unser eigenes Taxa und Taxonomie ohne die Verwendung # einer beliebigen Datenbank manuell erstellen) $ HOMO = $ Human-> Ancestor; # Seien Sie jedoch vorsichtig mit jedem_Desctern Sie können die Datenbank selbst fragen # Verwenden derselben Methode: ($ HOME) = $ homo-> db_handle-> jeweils_dessend ($ homo); # Wir können auch Bio :: Tree :: Tree * Methoden nutzen: # A) Einige Methoden sind mit einem leeren Baumobjekt verfügbar. Verwenden Sie Bio :: Tree :: Tree; meine $ tree_functions = new bio :: baum :: baum (); meine @lineage = $ tree_functions-> get_lineages_nodes ($ menschlich); meine $ lca = $ tree_functions-> get_lca ($ menschlich, $ maus); # b) Erstellen Sie für andere Methoden einen Baum mit Ihrem Taxon-Objekt My $ Tree = Neuer Bio :: Baum :: Baum (-Node => $ menschlich); mein @taxa = $ tree-> get_nodes; $ homo = $ baum-> find_node (-Rank => 'Gattung'); # Normalerweise können Sie den LCA einer List-Datenbank abgeleitet, die Taxon und ein # entrez oder flatfile abgeleitet ist, da die beiden verschiedenen Datenbanken möglicherweise unterschiedliche Wurzeln und unterschiedliche Anzahl von Rängen zwischen der Wurzel und der # Taxa von Interesse haben. Um dies zu lösen, machen Sie einen Baum des Taxon mit der mehr detaillierten Linie und spleißern Sie die gesamte Taxa, die nicht in der Linie von # Ihre anderen Taxon ist: My $ entrez_mouse = $ entrez_dbh-> get_taxon (-name => 'Mosculus'); Meine $ list_human = $ list_dbh-> get_taxon (-name => 'Homo Sapiens'); Meine $ mouse_tree = Neuer Bio :: Baum :: Baum (-Node => $ entrez_mouse); $ maus_tree-> spleiß (-keepf_rank => @ranks); $ lca = $ Mouse_tree-> get_lca ($ entrez_mouse, $ list_human); Anforderungen: · Perl.

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