BIO :: Sage :: Vergleich BIO :: Sage :: Vergleichsmodul vergleicht Daten aus der seriellen Analyse von Genexpressionsbibliotheken (Sage).
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BIO :: Sage :: Vergleichsmodul vergleicht Daten aus der seriellen Analyse von Genexpressionsbibliotheken (Sage). BIO :: Sage :: Vergleichsmodul vergleicht Daten aus der seriellen Analyse der Genexpression (Sage) Bibliotheken.Synopsis Verwenden Sie BIO :: Sage :: Vergleich; $ Sage = BIO :: Sage :: Vergleich-> Neu (); Dieses Modul liefert mehrere Werkzeuge zum Vergleich von Daten, die aus der seriellen Analyse der Genexpression (Sage) erzeugt werden, die aus der seriellen Analyse der Genexpression (Sage) -Bibliotheken erzeugt werden. Backgroundserial Analyse der Genexpression (Sage) ist eine molekulare Technik zum Erzeugen eine nahe globale Momentaufnahme eines Transkriptions einer Zellbevölkerung. Kurz gesagt extrahiert die Technik kurze Sequenzen an definierten Positionen von transkribierten mRNA. Diese kurzen Sequenzen werden dann zu DITAGs gekoppelt. Die DITAGs sind verkörpert, um lange Sequenzen zu bilden, die dann kloniert werden. Die klonierte DNA wird dann sequenziert. Bioinformatische Techniken werden dann eingesetzt, um die ursprünglichen kurzen Tag-Sequenzen zu bestimmen und ihre Vorläufer-mRNA abzuleiten. Die Anzahl der Zeiten, in denen ein bestimmtes Tag beobachtet wird, kann verwendet werden, um den Betrag eines bestimmten Transkripts zu quantifizieren. Die ursprüngliche Technik wurde von Velculescu et al. (1995) und verwendet ein ~ 14bp-Sequenz-Tag. Ein modifiziertes Protokoll wurde von Saha et al. (2002) Das erzeugte ~ 21bp-Tags.Purposethis-Modul erleichtert den Vergleich von Sage-Bibliotheken. Insbesondere: 1. Berechnungen zur Bestimmung der statistischen Bedeutung der Ausdrucksunterschiede. 2. Konvertieren Sie dynamisch längere Tag-Bibliotheken für den Vergleich in einen kürzeren Typ (z. B. mit einem Langfrist vs. eine normale Sage-Bibliothek) .Bothoth-Sage (14er Tag) und Longsage (21er Tag) werden von diesem Modul unterstützt. Statistische Signifikanz in der Bibliothek Vergleiche werden mit der von Audic und Claverie (1997) beschriebenen Methode berechnet. Code wurde erzeugt, indem die ursprünglichen C-Quelle der Autoren direkt portiert.Requirements: · Perl

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