BIO :: SEQIO :: FASTQ BIO :: SEQIO :: FastQ ist ein FastQ-Sequenz-Ein- / Ausgangsstrom.
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BIO :: SEQIO :: FASTQ Ranking & Zusammenfassung

BIO :: SEQIO :: FASTQ Stichworte

Perl-Modul Reihenfolge Eingabe- / Ausgabestrom FastQ-Sequenz Fastq

BIO :: SEQIO :: FASTQ Beschreibung

BIO :: SEQIO :: FastQ ist ein Schnellquellen-Ein- / Ausgabestrom. BIO :: SEQIO :: FastQ ist ein FastQ-Sequenz-Ein- / Ausgangsstrom.SynopsisDo Verwenden Sie dieses Modul nicht direkt. Verwenden Sie es über den Bio :: SEQIO-Klasse.Das Objekt kann BIO :: SEQ und BIO :: SEQ :: SEQWithQuality-Objekte in und nach FastQ-Flat-Datendatenbanken. Fastq ist ein Dateiformat, das häufig im SANGER-Zentrum verwendet wird, um ein Fasta zu bündeln Sequenz und ihre Qualitätsdaten. Ein typischer FASTAQ-Eintrag nimmt die von: @ hcdpq1d0501 gatttggggtttcaaagcagtatcgatcaaatagtaatccatttatttcaactcacagttt ..... + hcdpq1d0501! '' * ((((((((%%%%%). 1 *** - + * '')) ** 55CCF >>>>>> CCCCCCCC65 ..... FastQ-Dateien haben Sequenz- und Qualitätsdaten in einer einzigen Zeile und die Qualitätswerte sind einbyte codiert. Um die Dezimalwerte für Qualitäten abzurufen, müssen Sie 33 (oder Oktal 41) von jedem Byte subtrahieren und dann in eine '2-stellige + 1-Weltraum-Ganzzahl konvertieren. Sie können überprüfen, ob 33 die richtige Nummer ist, weil das erste Byte immer "!" Entspricht einem Qualitätswert von 0.Virings: · Perl Anforderungen: · Perl.

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