BIO :: SEQ. BIO :: SEQ ist ein Sequenzobjekt mit Funktionen.
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Perl-Modul Objekt Reihenfolge Sequenzobjekt Bioperl-Objekt

BIO :: SEQ. Beschreibung

BIO :: SEQ ist ein Sequenzobjekt mit Funktionen. BIO :: SEQ ist ein Sequenzobjekt mit Funktionen.Synopsis # Dies ist das Hauptsequenzobjekt in bioperl # erhält eine Sequenz aus einer Datei $ SEQIO = BIO :: SEQIO-> NEU ('-Format' => 'emBl', -fein => 'myfile.dat'); $ seqobj = $ seqio-> next_seq (); # SEQIO können sowohl Sequenzen lesen und schreiben; Siehe BIO :: SEQIO # Für weitere Informationen und Beispiele erfahren Sie von der Datenbank $ db = bio :: db :: genbank-> new (); $ seqobj = $ db-> get_seq_by_acc ('x78121'); # Make von Saiten in Skript $ SEQOBJ = BIO :: SEQ-> NEU (-DiSPlay_ID => 'my_id', -Seq => $ sequence_as_string); # Get Sequenz als Zeichenfolge von Sequenzobjekt $ SEQSTR = $ SEQOBJ-> SEQ (); # Aktuelle Reihenfolge als Zeichenfolge $ SEQSTR = $ seqobj-> subseq (10,50); # Slice in biologischen Koordinaten # ruft Informationen aus den Sequence # -Funktionen ab. MUSS MUSS BIO :: SEQFEATUREI-Schnittstelle @Features = $ SEQOBJ-> get_seqfeatures (); # Just Top Level Foreach My $ feat (@Features) {Print "Feature", $ feat-> primary_tag, "Starts", $ feat-> Start, "endet, $ feat-> ende," strand ", $ feat -> Strang, "n"; # Features Retain Link zum zugrunde liegenden Sequenzobjektdruckdruck "Feature Sequence lautet", $ feat-> seq-> seq (), "n"} # -Eing-Sequenzen können eine Spezies haben, wenn (definierte $ SEQ-> Arten) {drucken "Sequenz ist von ", $ arten-> binomial_name" n "; } # Annotation Objekte sind BIO :: AnnotationCollectioni's $ Ann = $ seqobj-> Annotation (); # Anmerkungsobjekt # Referenzen ist eine Art von Anmerkungen, die Sie erhalten können. Holen Sie sich auch # Kommentar und Dblink. Sehen Sie sich Bio :: AnnotationCollection für # mehr Informationen für # mehr Informationen für meine $ REF ($ Ann-> Get_Annation ('Referenz')) {drucken "Referenz", $ ref-> Titel, "n"; . meine $ rev = $ seqobj-> revcom (); # Es gibt viele Möglichkeiten, um zu übersetzen - check out the docs My $ trans = $ seqobj-> übersetzen (); # Diese Funktionen können zusammen angekettet werden. Meine $ trans_trunc_rev = $ seqobj-> trunc (100.200) -> revcom-> translate (); ein SEQ-Objekt ist eine Sequenz mit den darauf platzierten Sequenzfunktionen. Das SEQ-Objekt enthält ein primärseqobjekt für die eigentliche Sequenz und implementiert auch seine Schnittstelle.In Bioperl Wir haben 3 Hauptakteure, dass die Leute häufig BIO :: primärseq verwenden werden - nur die Reihenfolge und ihre Namen, nichts anderes. BIO :: SEQFEATUREI - ein Ort auf einer Sequenz, möglicherweise mit einer Reihenfolge und Annotation. BIO :: SEQ - Eine Sequenz und eine Sammlung von Sequenzfunktionen (Aggregat) mit eigener Annotation - FASTA-Datei einer Sequenz BIO :: SEQFEATUREI - ein einzelner Eintrag in einer EMBl / Genbank / DDBJ-Funktionstabelle BIO :: SEQ - Ein einzelner EMBL / GenBank / DDBJ-Eintrag kann einen Verweis auf eine Sequenz halten, ohne dass die Sequenz einen Verweis auf die Sequenzfunktion hält). Siehe BIO :: PrimarySeq und BIO :: SEQFeaturesi Weitere Informationen. In der Gestaltung des SEQ- und SEQFEATURE-Systems geholfen wirklich Helf. Anforderungen: · Perl.

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