BIO :: SEQ :: PrimedSeq Eine Darstellung einer Sequenz und zwei Primer, die einen Zielbereich flanken
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Perl-Modul Perl Bio. Zielregion grundierten Sequenz grundiert

BIO :: SEQ :: PrimedSeq Beschreibung

Eine Darstellung einer Sequenz, und zwei Primer, die eine Zielregion flankieren Bio :: Seq :: PrimedSeq ist eine Darstellung einer Sequenz und zwei Primer ein Ziel region.SYNOPSIS # Der einfachste Weg flankieren zu verwenden, um dies wahrscheinlich entweder ist, (i), die # Ausgabe von Bio :: Werkzeuge erhalten :: Run: : Primer3, Bio :: Werkzeuge :: Primer3 oder # Bio :: Werkzeuge :: PCRSimulation: # Zum Beispiel mit einer fasta Datei Verwendung Bio :: SeqIO beginnen; verwenden Bio :: Werkzeuge :: Run :: Primer3; my $ file = Verschiebung || die eine Datei lesen müssen; my $ seqin = Bio :: SeqIO-> new (-file => $ file); my $ seq = $ seqin-> next_seq; # Verwendung primer3 einige Primer meine $ primer3run = Bio :: Werkzeuge :: Run :: Primer3-> new (-SEQ => $ f) zu entwerfen; $ Primer3run -> laufen; # Führen Sie es mit den Standardparametern # eine Datei erstellen, um die Ergebnisse zu meinem $ SeqOut = Bio :: SeqIO-> new (-file => "> primed_sequence.gbk", -format => 'GenBank') zu schreiben; # Jetzt nur erhalten alle Ergebnisse und schreiben sie aus. while (my $ ergibt = $ primer3run-> next_primer) {$ seqout-> write_seq ($ ergebnis-> annotated_seq); Oder} #, (ii), eine Genbank-Datei für eine Sequenz und seinen verwandten # Primer zu erstellen: Verwendung Bio :: SeqIO; Verwendung Bio :: Seq :: PrimedSeq; # Eine Sequenz-Datei ($ file) mit der Vorlage hat, und zwei Primer #, dass es passen, in fasta Format my $ file = Verschiebung || sterben "$ 0"; my $ seqin = Bio :: SeqIO-> new (-file => $ file); # Lesen drei Sequenzen my ($ template, $ leftprimer, $ rightprimer) = ($ seqin-> next_seq, $ seqin-> next_seq, $ seqin-> next_seq); # Die grundierte Sequenzobjekt my $ primedseq = Bio :: Seq :: PrimedSeq-> new (-SEQ => $ template, -left_primer => $ leftprimer, -right_primer => $ rightprimer) einzurichten; # Eine Datei für die Ausgabe my $ SeqOut = Bio :: SeqIO-> new (-file => "> primed_sequence.gbk", -format => 'GenBank') öffnen; # Die Sequenz aus $ drucken seqout-> write_seq ($ primedseq-> annotated_sequence); # Dies sollte eine GenBank-Datei mit den beiden Primern labeled.This Modulausgang ist eine etwas verherrlichte Kapsel eine grundierte Sequenz enthält. Es wurde geschaffen, um die Tatsache zu richten, dass ein Primer mehr als ein seqfeature ist und es muß Wege, um die Primer-Sequenz komplex und die Verhaltensweisen und Attribute darstellen, die mit dem Komplex verbunden sind. Anforderungen: · Perl.

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