BIO :: Restriction :: Enzym BIO :: Restriction :: Enzym ist eine einzige Restriktionsendonuklease (schneidet DNA an bestimmten Orten).
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Perl-Modul Bio. Restriktionsenzym Restriktion Endonuclease. Beschränkung

BIO :: Restriction :: Enzym Beschreibung

BIO :: Restriction :: Enzym ist eine einzige Restriktionsendonuklease (schneidet DNA an bestimmten Orten). BIO :: Restriction :: Enzym ist eine einzelne Restriktionsendonuclease (schneidet DNA an bestimmten Orten) .synopsis # ein einzelnes Restriktionsenzym einrichten. Dies enthält viele # Informationen über das Enzym, das in der Regel aus einer # -Ras-Datei analysiert wird, und kann dann BIO :: Restriction :: Enzyme zurückgelesen werden. # Definieren Sie ein neues Enzym mit der Schnittsequenz Meine $ RE = NEUE BIO :: Restriction :: Enzym (--Enzyme => 'EcoRI', -Seq => 'G ^ AATTC'); # Sobald die Sequenz definiert wurde, wird eine Reihe von Zeug berechnet # für Sie: #### Precalculated # FINDEN, wo das Enzym nachschneidet ... mein $ ca = $ re-> schnitt; # ... und wo es auf dem gegenüberliegenden Strang schneidet, mein $ oca = $ re-> complementary_cut; # Holen Sie sich die Schnittsequenzzeichenfolge zurück. # Beachten Sie, dass die Site die Reihenfolge mit einem Caret-My $ mit_caret = $ RE-> Site zurückgibt; #Returns 'g ^ astelle'; # Aber es ist auch ein BIO :: PrimarySeq-Objekt .... mein $ own_caret = $ re-> seq; # Returns 'Gaattc'; # ... und so tut String $ ohne_caret = $ re-> string; #Returns 'gaattc'; # Was ist die umgekehrte Ergänzung der Cut-Site My $ RC = $ RE-> REVCOM; # Returns 'Gaattc'; # jetzt die Erkennungslänge. Es gibt zwei Arten: # Erkennung_length () ist die Länge der Sequenz # Cutter () Schätzung der Schnittfrequenz My $ recog_length = $ re-> erkennung_length; # Returns 6 # Gibt auch 6 in diesen Fall zurück, würde aber für Ganntc und 5 für Rgatcy (BSTX2I) zurückkehren. $ recog_length = $ re-> cutter; # ist die Sequenz ein palindrome - das gleiche nach vorne und rückwärts meine $ pal = $ re-> palindromic; # Dies ist ein boolescher # ist die Sequenz stumpf (d. H. Nein Überhang - die Vorwärts- und Rückseite # -Kürzungen sind gleich) drucken "Bluntn", wenn $ re-> Überhang-EQ 'blunt'; # Überhang kann drei Werte haben: "5 '", "3'", "stumpf" und undef # -richtung ist sehr wichtig, wenn Sie Klenow verwenden! mein $ oh = $ re-> Überhang; # Was ist die Überhangsequenz mein $ ohseq = $ re-> overhang_seq; # wird 'AATT' zurückkehren; # ist die Sequenz mehrdeutig - enthält es nicht-GATC-Basen? meine $ abgebaut = $ re-> is_ambig; # Dies ist boolesche Druck "Zeug über die Enzymencuts nach: $ Can", "Ergänzungsschnitt: $ ocanssite: nt $ with_caret orn", "t $ ohne_caretn"; drucken "Rückwärts der Reihenfolge: $ rcnrecognition länge: $ recog_lengthnn", "ist es palindromic? $ paln"; drucken "Der Überhang ist $ oh mit Sequenz $ ohseqn", "und ist es mehrdeutig? $ ambignieren"; ### Dinge, die Sie einstellen können, und erhalten Sie von der Rich-Rebase-Datei #, erhalten Sie die Isoschizomere (Enzyme, die dieselbe #-Site erkennen) $ re-> Isoschizomere ('Pvuii', 'Smai'); # nicht wirklich wahr :) drucken "isoschizomere sind", teilnehmen ", $ re-> isoschizomer" n "; # Erhalten oder setzen Sie die Methylierungsstellen $ ren> methylierung_seiten (2); # nicht wirklich wahr :) drucken "methyliert unter", teilnehmen "", Schlüssel% {$ re-> methylierung_seiten}, "n"; #Net oder setzen Sie die Quelle Microbe $ RE-> Microbe ('E. coli'); drucken "Es kam aus", $ re-> mikrobe, "n"; # Holen Sie sich oder setzen Sie die Person, die es isoliert isoliert, eine RE-> Quelle ("Rob"); # nicht wirklich wahr :) Drucken $ ren> Quelle ", schickte es an usn"; # Holen Sie sich, ob es im Handel erhältlich ist, und die Firma #, die es in $ Re-> Anbieter ('NEB') gekauft werden kann; # Mein Lieblingsdruck "ist es im Handel erhältlich:"; $ Re-> Anbieter drucken? "Ja Nein"; drucken "und es kann von", beitreten ", $ re-> Anbieter," n "; # Erhalten oder setzen Sie eine Referenz für diese $ RE-Referenz ('Edwards et al. J. Bakteriologie'); drucken "Es wurde nicht in", $ Re-Referenz, "n" veröffentlicht, "n"; # Erhalten oder setzen Sie den ENZYME-Namen $ RE-> NAME ('BAMHI'); drucken "Der Name von EcoRI ist nicht wirklich", $ RE-> Name, "n"; Dieses Modul definiert eine einzige Restriktionsendonuclease. Sie können es verwenden, um benutzerdefinierte Restriktionsenzyme zu erstellen, und es wird von BIO :: Restriction :: IO zur Definition von Enzymen in der Neuengland-Biolabs-Rebase-Kollektion verwendet. BIO :: Restriction :: Analyse, um herauszufinden, welche Enzyme verfügbar sind und wo Sie schneiden Ihre Sequenz ab. Anforderungen: · Perl.

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